mauveAligner - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

mauveAligner: construcción eficiente de múltiples alineaciones del genoma

SINOPSIS

mauveAligner [opciones] ...
nombre de archivo>

DESCRIPCIÓN

Los algoritmos de alineación mauveAligner y progressMauve se han implementado como
programas de línea de comandos incluidos con el software descargable Mauve. Cuando huye del
línea de comandos, estos programas proporcionan opciones que aún no están disponibles en la interfaz gráfica.

CAMPUS

--salida =Nombre del archivo de salida.
Imprime en la pantalla de forma predeterminada

- mamás Encuentre solo MUM, no intente determinar localmente bloques colineales (LCB)

--no-recursividad No realice una identificación de ancla recursiva (implica
- alineación sin espacios)

--no-extensión-lcb Si está determinando LCB, no intente extender los LCB

--seed-size =Tamaño de coincidencia de semillas inicial, el valor predeterminado es log_2 (longitud de secuencia promedio)

--max-extensión-iteraciones =Limite las extensiones de LCB a este número de intentos,
el valor predeterminado es 4

--eliminar-inclusiones Elimina las inclusiones vinculadas en las coincidencias de subconjuntos.

--weight =Peso mínimo de LCB en pares de bases por secuencia

--match-input =Utilice el archivo de coincidencias especificado en lugar de buscar coincidencias

--lcb-coincidencia-entrada Indica que el archivo de entrada de coincidencias contiene coincidencias que se han
agrupados en LCB

--lcb-input =Utilice el archivo lcb especificado en lugar de construir LCB (omite LCB
Generacion)

--scratch-path =Para genomas grandes, use un directorio para el almacenamiento de datos temporales.
Debe darse dos o más veces con diferentes caminos.

--id-matrix =Genere estadísticas LCB y escríbalas en el archivo especificado

- tamaño de la isla =Encuentra islas más grandes que el número dado

--island-output =Las islas de salida del archivo dado (requiere - tamaño de la isla)

--backbone-size =Encuentra tramos de columna más largos que el número dado de pb

--max-backbone-gap =Permitir que la columna vertebral sea interrumpida por espacios de hasta esta longitud en
pb

--backbone-output =Las islas de salida del archivo dado (requiere - tamaño de la isla)

--coverage-output =Genere una lista de cobertura en el archivo especificado (- para stdout)

repite Genera un mapa repetido. Solo se puede especificar una secuencia

- árbol-guía-de-salida =Escriba un árbol guía en el archivo designado

--colineal Suponga que las secuencias de entrada son colineales, no tienen reordenamientos

Boquiabierto alineación control S:
- alineación sin espacios No realice una alineación con huecos

--max-gap-aligner-length =Número máximo de pares de bases con los que intentar alinearse
el alineador con huecos

--min-recursive-gap-length =Tamaño mínimo de los huecos que Mauve realizará de forma recursiva
Anclaje MUM activado (el valor predeterminado es 200)

firmado permutación matriz opciones:
--permutación-matriz-salida =Escriba los LCB como una matriz de permutación con signo para
el archivo dado

--permutación-matriz-peso-mínimo =Se escribirá una matriz de permutación para cada
conjunto de LCB con peso entre este valor y el valor de --peso

Alineación salida opciones:
--alignment-output-dir =Envía un conjunto de archivos de alineación (uno por LCB) a un
directorio dado

--alignment-output-format =Selecciona el formato de salida para --alineación-salida-dir

--alineación-salida =Escriba una alineación de formato XMFA en el archivo designado

Los formatos de salida de alineación admitidos son: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

Utilice mauveAligner en línea utilizando los servicios de onworks.net