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mauveToXMFA - Online en la nube

Ejecute mauveToXMFA en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks a través de Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS

Este es el comando mauveToXMFA que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.

PROGRAMA:

NOMBRE


addUnalignedIntervals - parte del paquete mauveAligner
alineaciónProyector - parte del paquete mauveAligner
backbone_global_to_local - parte del paquete mauveAligner
bbAnalyze - parte del paquete mauveAligner
createBackboneMFA - parte del paquete mauveAligner
getAlignmentWindows - parte del paquete mauveAligner
getOrthologList: parte del paquete mauveAligner
makeBadgerMatrix - parte del paquete mauveAligner
mauveToXMFA - parte del paquete mauveAligner
mfa2xmfa - parte del paquete mauveAligner
projectAndStrip - parte del paquete mauveAligner
randomGeneSample - parte del paquete mauveAligner
scoreAlignment - parte del paquete mauveAligner
stripGapColumns - parte del paquete mauveAligner
stripSubsetLCBs - parte del paquete mauveAligner
toGrimmFormat - parte del paquete mauveAligner
toMultiFastA - parte del paquete mauveAligner
toRawSequence - parte del paquete mauveAligner
uniqueMerCount: parte del paquete mauveAligner
uniquifyTrees - parte del paquete mauveAligner
xmfa2maf - parte del paquete mauveAligner

DESCRIPCIÓN


Estas herramientas pertenecen al paquete mauveAligner. No están documentados explícitamente, pero
están imprimiendo una línea de sinopsis que se repite aquí.

addUnalignedIntervals intervalo archivo> <output intervalo archivo>

Proyector de alineación xmfa> <output xmfa> <mfa ss entrada> <mfa ss salida> <list of
secuencias a incluir, comenzando at 0>

backbone_global_to_local <xmfa archivo> <backbone archivo> <output archivo>

bbAnalizar <xmfa archivo> <guide árbol> <backbone seqpos archivo> <backbone columna archivo> <annotated
ss índice> <output archivo>

El índice de secuencia anotado comienza en 0.

createBackboneMFA intervalo archivo> <output MFA nombre>

getAlignmentWindows <XMFA alineación> <window longitud> <window cambio cantidad> <base salida
nombre de archivo>

getOrthologList getOrthologList xmfa> <backbone ss archivo> <reference genoma> <CDS
ortólogo nombre de archivo> <CDS alineación base nombre>

makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix xmfa> <output tejón archivo> <LCB coordinar archivo>

mauveToXMFA mauveToXMFA <Mauve Alineación entrada> <XMFA salida>

mfa2xmfa <MFA alineación entrada> <XMFA alineación salida> [No alineado FastA producción]

projectAndStrip xmfa> <output xmfa> ...

Los identificadores de secuencia numérica comienzan en 0.

randomGeneSample xmfa> <backbone ss archivo> <sample genoma> <number of genes>
<output base nombre> [aleatorio semilla]

scoreAlignment <correct alineación> <calculated alineación> [evolucionado secuencia expediente] [Slagan]

stripGapColumns XMFA> <output XMFA>

stripSubsetLCBs xmfa> bbcols> <output xmfa> [min LCB Talla] [min genomas]
[al azar submuestra a X kb]

toGrimmFormat <Mauve Alineación> <genome 1 chr longitudes> ... N chr longitudes>

toMultiFastA intervalo archivo> <output base nombre>

aRawSequence secuencia> <output archivo>

uniqueMerCount <Sorted mar Lista>

uniquifyTrees <nexus datos de entrada archivo> <nexus salida archivo>

Todos los árboles del archivo de entrada deben tener el mismo número de taxones y el mismo taxón
etiquetas

xmfa2maf <xmfa entrada> <maf salida>

Utilice mauveToXMFA en línea utilizando los servicios de onworks.net


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