megablast - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop - Herramienta básica de búsqueda de alineación local

SINOPSIS

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I "comienzo detener"] [-J "comienzo detener"] [-M str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a nombre de archivo] [-d N] [-e X] [-g F] -i nombre de archivo
-j nombre de archivo [-m] [-o nombre de archivo] -p str [-q N] [-r N] [-t N]

blast2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I "comienzo detener"]
[-J "comienzo detener"] [-K N] [-L] [-M str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i nombre de archivo]
[-j nombre de archivo] [-k str] [-m N] [-n] [-o nombre de archivo] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-u]
[-v N] [-w N] [-y N] [-z N]

explosión [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L empezar, parar] [-M str] [-O nombre de archivo] [-P N] [-Q N] [-R nombre de archivo] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nombre de archivo]
[-l str] [-m N] [-n] [-o nombre de archivo] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

explosión_vieja [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L empezar, parar] [-M str] [-O nombre de archivo] [-P N] [-Q N] [-R nombre de archivo] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nombre de archivo] [-l str]
[-m N] [-n] [-o nombre de archivo] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

explosióncl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L empezar, parar]
[-M str] [-O nombre de archivo] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i nombre de archivo] [-m N] [-n] [-o nombre de archivo] -p str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

explosiónpgp [-] [-A N] [-B nombre de archivo] [-C nombre de archivo] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M str] [-N X] [-O nombre de archivo] [-P N] [-Q nombre de archivo] [-R nombre de archivo] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i nombre de archivo] [-j N] [-k nombre de archivo] [-l str] [-m N] [-o nombre de archivo] [-p str] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

impala [-] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M str] [-O nombre de archivo] [-P nombre de archivo]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-h X] [-i nombre de archivo] [-j N] [-m N] [-o nombre de archivo]
[-v N] [-y X] [-z N]

megablasto [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L empezar, parar] [-M N]
[-N N] [-O nombre de archivo] [-P N] [-Q nombre de archivo] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f] [-g F] [-i nombre de archivo] [-l str] [-m N] [-n]
[-o nombre de archivo] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F str] [-I] [-J] [-L empezar, parar] [-N X] [-O nombre de archivo] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d nombre de archivo [-e X] [-i nombre de archivo] [-l nombre de archivo] [-m N]
[-o nombre de archivo] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

semilla [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M str] [-O nombre de archivo]
[-S N] [-X N] [-d str] [-e X] [-f] [-i nombre de archivo] [-k nombre de archivo] [-o nombre de archivo] [-p str]
[-q N] [-r N]

DESCRIPCIÓN

Esta página de manual documenta brevemente los comandos bl2seq, explosión, explosión, explosióncl3,
explosiónpgp, impala, megablasto, rpsblasty semilla. Estos comandos están documentados
juntos porque tienen muchas opciones en común.

bl2seq realiza una comparación entre dos secuencias usando blastn o blastp
algoritmo. Ambas secuencias deben ser nucleótidos o proteínas.

blast2 compara una secuencia con una base de datos local o una segunda secuencia; eso
incorpora la mayor parte de la funcionalidad de ambos bl2seq y explosión, pero usa un semi-
motor interno nuevo experimental.

explosión y explosión_vieja encuentre las mejores coincidencias en una base de datos local para una secuencia.
explosión utiliza un motor más nuevo que explosión_vieja de forma predeterminada, pero admite el uso de la antigua
motor también (cuando se invoca con la opción -V F).

explosióncl3 accede al motor de búsqueda NCBI BLAST más reciente (versión 2.0). El software detrás
BLAST versión 2.0 se escribió desde cero para permitir que BLAST maneje los nuevos desafíos
planteados por las bases de datos de secuencias en los próximos años. Las actualizaciones de este software
continuará en los próximos años.

explosiónpgp realiza búsquedas de blastp con intervalos y se puede utilizar para realizar búsquedas iterativas en
modo psi-blast y phi-blast.

impala busca en una base de datos de matrices de puntuación, preparada por fotocopiadora(1), produciendo BLAST-like
salida.

megablasto utiliza el algoritmo codicioso de Webb Miller et al. para secuencia de nucleótidos
búsqueda de alineación y concatena muchas consultas para ahorrar tiempo en el escaneo de la base de datos.
Este programa está optimizado para alinear secuencias que difieren ligeramente como resultado de
secuenciación u otros "errores" similares. Es hasta 10 veces más rápido que lo más común.
secuencia de programas de similitud y, por lo tanto, se puede utilizar para comparar rápidamente dos conjuntos grandes
de secuencias entre sí.

rpsblast (PSI-BLAST inverso) busca una secuencia de consulta en una base de datos de perfiles.
Esto es lo opuesto a PSI-BLAST que busca un perfil en una base de datos de secuencias,
de ahí el "reverso". rpsblast utiliza un algoritmo similar a BLAST, encontrando palabras simples o dobles
hits y luego realizar una extensión sin espacios en estos partidos candidatos. Si un
se produce una alineación sin huecos de puntuación suficientemente alta, se realiza una extensión con huecos
y se informan aquellas alineaciones (con huecos) con un valor esperado suficientemente bajo. Esta
El procedimiento contrasta con IMPALA que realiza un cálculo Smith-Waterman entre los
consulta y cada perfil, en lugar de utilizar un enfoque basado en palabras para identificar coincidencias que
debe extenderse.

semilla responde a dos preguntas relativamente simples:
1. Dada una secuencia y una base de datos de patrones, ¿qué patrones ocurren en la secuencia?
¿y donde?
2. Dado un patrón y una base de datos de secuencias, ¿qué secuencias contienen el patrón y
¿dónde?

Algunos de estos comandos admiten múltiples tipos de comparación, regidos por el -p
("programa") bandera:

blastp compara una secuencia de consulta de aminoácidos con una base de datos de secuencias de proteínas.

blastn compara una secuencia de consulta de nucleótidos con una base de datos de secuencias de nucleótidos.

blastx compara los productos de traducción conceptual de seis marcos de una consulta de nucleótidos
secuencia (ambas cadenas) contra una base de datos de secuencias de proteínas. Para bl2seq, la
el nucleótido debe ser la primera secuencia dada.

psitblastn compara una secuencia de consulta de proteínas con una base de datos de secuencias de nucleótidos
traducido dinámicamente en los seis marcos de lectura (ambos capítulos) utilizando un
Matriz de posición específica creada por PSI-BLAST.

tblastn compara una secuencia de consulta de proteínas con una base de datos de secuencias de nucleótidos
traducido dinámicamente en los seis marcos de lectura (ambos capítulos). Para bl2seq,
el nucleótido debe ser la segunda secuencia dada.

tblastx compara las traducciones de seis marcos de una secuencia de consulta de nucleótidos con la
traducciones de seis marcos de una base de datos de secuencias de nucleótidos.

CAMPUS

Un resumen de las opciones se incluye a continuación.

- Mensaje de uso de impresión

-A (bl2seq)
Secuencias de entrada en forma de accesión.versión

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
Tamaño de ventana de múltiples visitas; por lo general, el valor predeterminado es 0 (para extensiones de un solo golpe), pero
el valor predeterminado es 40 cuando se utilizan plantillas no contiguas.

-B N (explosión2)
Produzca resultados sobre la marcha:
0 ninguno (predeterminado)
1 tabla de compensaciones y valores de calidad
2 agregar datos de secuencia
3 texto ASN.1
4 ASN.1 binario

-B N (explosión, explosión_old)
Número de consultas concatenadas, en modo blastn o tblastn

-B nombre de archivo (explosiónpgp)
Archivo de alineación de entrada para reinicio de PSI-BLAST

-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Utilice estadísticas basadas en composición para blastp o tblastn:
T, t, D o d
Predeterminado (equivalente a 1 para blast2 y explosión_vieja y para 2 para explosión
y explosióncl3)
0, F o f
Sin estadísticas basadas en composición
1 Estadísticas basadas en composición como en NAR 29: 2994-3005
2 Ajuste de puntuación basado en la composición como en Bioinformática 21: 902-911, 2005,
condicionado a las propiedades de la secuencia
3 Ajuste de puntuación basado en la composición como en Bioinformática 21: 902-911, 2005,
incondicionalmente
Al habilitar las estadísticas en blastall, blastall_old o blastcl3 (es decir,, no blast2),
adjuntando u (no distingue entre mayúsculas y minúsculas) para el modo habilita el uso de valores p unificados
combinando alineación y valores p composicionales solo en la ronda 1.

-C nombre de archivo (explosiónpgp)
Archivo de salida para puntos de control PSI-BLAST

-C N (semilla)
Puntaje solo o no (predeterminado = 1)

-D N (bl2seq)
Formato de salida:
0 tradicional (predeterminado)
1 tabla

-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Traducir secuencias en la base de datos de acuerdo con el código genético N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (el valor predeterminado es 1; solo se aplica a tblast *)

-D N (mega explosión)
Tipo de salida:
0 puntos finales de alineación y puntuación
1 todos los puntos finales de los segmentos sin espacios
2 salidas BLAST tradicionales (por defecto)
3 formato de una línea delimitado por tabulaciones
4 texto incremental ASN.1
5 ASN.1 binario incremental

-D N (semilla)
Disminución de costos para alinear (predeterminado = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Extender una brecha cuesta N (-1 invoca el comportamiento predeterminado)

-E N (blast2, blastall, blastall_old)
Extender una brecha cuesta N (-1 invoca el comportamiento predeterminado: no afín si codicioso, 2
de lo contrario)

-E N (blastpgp, impala, semilla)
Extender una brecha cuesta N (el valor predeterminado es 1)

-F str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) Opciones de filtro para DUST o SEG; predeterminado a
T para bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3 y megablast, y para F para
blastpgp, impala y rpsblast.

-F (semilla)
Secuencia de filtrado con SEG.

-G N (bl2seq, blastcl3, megablast)
Abrir una brecha cuesta N (-1 invoca el comportamiento predeterminado)

-G N (blast2, blastall, blastall_old)
Abrir una brecha cuesta N (-1 invoca el comportamiento predeterminado: no afín si es codicioso, 5 si
usando programación dinámica)

-G N (blastpgp, impala, semilla)
Abrir una brecha cuesta N (el valor predeterminado es 11)

-H (explosión2)
Producir salida HTML

-H N (explosiónpgp)
Fin de la región requerida en la consulta (-1 indica el final de la consulta)

-H (impala)
Ayuda de impresión (diferente del mensaje de uso)

-H N (mega explosión)
Número máximo de HSP para guardar por secuencia de base de datos (el valor predeterminado es 0, ilimitado)

-I "comienzo detener"(bl2seq, blast2)
Ubicación en la primera secuencia (consulta) (se aplica solo si el archivo se especifica con -i contiene
una sola secuencia)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Mostrar IG en deflines

-J "comienzo detener"(bl2seq, blast2)
Ubicación en la segunda secuencia (asunto) (se aplica solo si el archivo se especifica con -j
contiene una sola secuencia)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) Cree que la consulta defline

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Número de mejores éxitos de una región para conservar. Desactivado por defecto. Si se usa un valor de 100
es recomendado. Valores muy altos de -v or -b también se sugieren.

-K N (semilla)
Multiplicador de tamaño de búfer de hit interno (longitud de consulta de wrt; predeterminado = 2)

-L (explosión2)
Utilice la tabla de consulta (Mega BLAST clásica) de ancho 12

-L empezar, parar (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) Ubicación en la secuencia de consulta (para rpsblast, solo válido en modo blastp)

-M str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) Usar matriz str (predeterminado = BLOSUM62)

-M N (mega explosión)
Longitud total máxima de consultas para una única búsqueda (predeterminado = 5000000)

-N (explosión2)
Mostrar solo accesiones para ID de secuencia en salida tabular

-N X (explosiónpgp, rpsexplosión)
Número de bits para activar el espacio (predeterminado = 22.0)

-N N (mega explosión)
Tipo de plantilla de Word no contigua:
0 codificación (predeterminado)
1 óptimo
2 dos simultáneos

-O nombre de archivo (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) Alineaciones de secuencia de escritura (ASN.1)
a nombre de archivo; solo válido para blastpgp, impala, rpsblast y seedtop con -Jy
solo valido para megablast con -D2.

-P X (explosión2)
Corte del porcentaje de identidad

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
Establecer en 1 para el modo de un solo golpe o 0 para el modo de múltiples golpes (predeterminado). No se aplica
explotar.

-P nombre de archivo (impala)
Leer perfiles de matriz de la base de datos nombre de archivo

-P N (mega explosión)
Número máximo de posiciones para un valor hash (establecido en 0 [predeterminado] para ignorar)

-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Traducir la consulta según el código genético N en /usr/share/ncbi/data/gc.prt (predeterminado
es 1)

-Q nombre de archivo (explosiónpgp)
Archivo de salida para matriz PSI-BLAST en ASCII

-Q nombre de archivo (mega explosión)
Salida de consulta enmascarada; requiere -D 2

-R (explosión2)
Calcule las alineaciones de Smith-Waterman localmente óptimas. (Esta opción solo está disponible
para tblastn con huecos.)

-R nombre de archivo (explosión, explosión_old)
Leer archivo de punto de control PSI-TBLASTN nombre de archivo

-R (explosióncl3)
Búsqueda RPS Blast

-R nombre de archivo (explosiónpgp)
Archivo de entrada para reinicio de PSI-BLAST

-R (mega explosión)
Informar la información del registro al final de la salida

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) hebras de consulta para buscar en la base de datos blastn, blastx, tblastx:
superior 1
2 inferior
3 ambos (predeterminado)

-S N (explosiónpgp)
Inicio de la región requerida en la consulta (predeterminado = 1)

-S N (semilla)
Coste de corte (predeterminado = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Producir salida HTML

-T N (explosión2)
Tipo de plantilla de Word no contigua:
0 codificación (predeterminado)
1 óptimo
2 dos simultáneos

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) Utilice el filtrado de minúsculas para la secuencia de consulta

-V (bl2seq, explosión, mega explosión)
Forzar el uso del motor heredado

-V (explosión2)
Utilice un enfoque de tamaño de palabra variable para el análisis de la base de datos

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Use palabras de tamaño N (duración de la mejor combinación perfecta;
cero invoca el comportamiento predeterminado, excepto con megablast, que por defecto es 28, y
blastpgp, cuyo valor predeterminado es 3. Los valores predeterminados para los otros comandos varían con
"programa": 11 para blastn, 28 para megablast y 3 para todo lo demás).

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, seedtop) Valor de caída X para alineación con huecos (en
bits) (cero invoca el comportamiento predeterminado, excepto con megablast, que por defecto es 20,
y rpsblast y seedtop, cuyo valor predeterminado es 15. Los valores predeterminados para el otro
Los comandos varían con "program": 30 para blastn, 20 para megablast, 0 para tblastx y
15 para todo lo demás).

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Longitud efectiva del espacio de búsqueda (use cero para
el tamaño real)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
megablast, rpsblast) X valor de caída para final [¿programación dinámica?] con espacio
alineación en bits (el valor predeterminado es 100 para blastn y megablast, 0 para tblastx, 25 para
otros)

-a nombre de archivo (bl2seq)
Escribir salida de texto ASN.1 en nombre de archivo

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Número de hilos a usar (el predeterminado es uno)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Número de secuencias de la base de datos para mostrar alineaciones para
(B) (el valor predeterminado es 250)

-c (explosión2)
Máscara minúscula

-c N (impala)
Constante en pseudocuentas para la versión multipass; 0 (predeterminado) usa el método de entropía;
de lo contrario, se recomienda un valor cercano a 30

-c N (impala)
Constante en pseudocuentas para la versión de múltiples pasadas (el valor predeterminado es 10)

-d N (bl2seq)
Utilice un tamaño de base de datos teórico de N (cero representa el tamaño real)

-d str (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, seedtop) Base de datos a utilizar (el valor predeterminado es nr para todos los ejecutables
excepto blast2, que requiere una segunda secuencia FASTA si no está configurada)

-d nombre de archivo (rpsexplosión)
Base de datos RPS BLAST

-e X Valor de expectativa (E) (predeterminado = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Umbral para extender golpes, predeterminado si es cero: 0 para blastn y megablast, 11 para
blastp, 12 para blastx y 13 para tblasn y tblastx.

-f N (explosiónpgp)
Umbral para extender hits (predeterminado 11)

-f (mega explosión)
Mostrar ID completos en el resultado (predeterminado: solo IG o accesiones)

-f (semilla)
Forzar la búsqueda de patrones incluso si son demasiado probables

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
No realice una alineación con espacios (N / A para tblastx)

-g (explosión2)
Utilice un algoritmo codicioso para extensiones con huecos

-g F (mega explosión)
Hacer que megablast no contiguo genere palabras para cada base de la base de datos
(obligatorio con el motor BLAST actual)

-h N (explosión2)
Penalización de desplazamiento de fotograma para espacios fuera de fotograma (solo blastx, tblastn; el valor predeterminado es
cero)

-h X (blastpgp, impala)
umbral de valor electrónico para su inclusión en el modelo de múltiples pasadas (predeterminado = 0.002 para blastpgp,
0.005 para impala)

-i nombre de archivo
Leer (primero, consultar) secuencia o establecer desde nombre de archivo (el valor predeterminado es stdin; no es necesario para
blastpgp si se reinicia desde el marcador)

-j nombre de archivo (bl2seq, explosión2)
Leer la segunda secuencia (tema) o establecer desde nombre de archivo

-j N (explosiónpgp)
Número máximo de pases para usar en la versión de múltiples pases (predeterminado = 1)

-k str (explosión2)
Patrón para PHI-BLAST

-k nombre de archivo (blastpgp, semillero)
Ingrese el archivo de visitas para PHI-BLAST (predeterminado = hit_file)

-l str (blastall, blastall_old, blastpgp, megablast)
Restringir la búsqueda de la base de datos a la lista de GI [String]

-l nombre de archivo (rpsexplosión)
Registrar mensajes en nombre de archivo en lugar de error estándar.

-m (bl2seq)
Utilice Mega Blast para la búsqueda

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) opciones de vista de alineación:
0 por pares (predeterminado)
1 búsqueda anclada que muestra identidades
2 consultas ancladas, sin identidades
3 consultas planas ancladas, mostrar identidades
4 consultas planas ancladas, sin identidades
5 consultas ancladas, sin identidades y extremos contundentes
6 consultas planas ancladas, sin identidades y extremos contundentes
7 Salida XML Blast (no disponible para impala)
8 tabular (no disponible para impala)
9 tabular con líneas de comentarios (no disponible para impala)
10 texto ASN.1 (no disponible para impala o rpsblast)
11 ASN.1 binario (no disponible para impala o rpsblast)

-n (explosión2)
Mostrar IG en ID de secuencia

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
Búsqueda MegaBlast

-n (mega explosión)
Utilice la extensión no codiciosa (programación dinámica) para puntuaciones de brecha afines

-o nombre de archivo
Redactar el informe de alineación final a nombre de archivo en lugar de stdout

-p str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Utilice el "programa" (tipo de comparación) str. DESCRIPCIÓN la sección cubre esto
opción con más detalle.

-p str (explosiónpgp)
opción de programa para PHI-BLAST (predeterminado = blastpgp)

-p X (mega explosión)
Límite de porcentaje de identidad (predeterminado = 0)

-p F (rpsexplosión)
La secuencia de consulta es de nucleótidos, no de proteínas

-p str (semilla)
nombre del programa:
patmatchp indica qué patrones ocurren en una secuencia
patrónp indica qué secuencias contienen un patrón

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Penalización por un desajuste de nucleótidos (solo blastn) (predeterminado = -10
para seedtop, -3 para todo lo demás)

-q N (explosiónpgp)
Entrada ASN.1 Scoremat de datos de puntos de control:
0 sin entrada de marcador (predeterminado)
1 reinicio desde el archivo de punto de control ASCII Scoremat
2 reiniciar desde el archivo de punto de control binario del marcador

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast, seedtop) Recompensa por una coincidencia de nucleótidos (solo blastn) (predeterminado = 10 para
seedtop, -10 para todo lo demás)

-s (explosión2)
No-op (anteriormente se solicitaba generar palabras para cada base de la base de datos)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
Calcule las alineaciones de Smith-Waterman localmente óptimas. Para blastall, blastall_old y
blastcl3, esto solo está disponible en el modo tblastn con huecos.

-s N (mega explosión)
Puntuación mínima de aciertos para informar (0 para comportamiento predeterminado)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
Longitud de una plantilla de palabra no contigua (el intrón más grande permitido en una
secuencia de nucleótidos cuando se enlazan múltiples asignaciones distintas; predeterminado = 0;
los valores negativos inhabilitan el enlace para blastall, blastall_old y blastcl3.)

-t N[u] (explosiónpgp)
Ajuste de puntuación basado en composición. El primer carácter se interpreta de la siguiente manera:
0, F o f
sin estadísticas basadas en composición
1 estadísticas basadas en la composición como en NAR 29: 2994-3005
2, T o t
ajuste de puntuación basado en la composición como en Bioinformática 21: 902-911, 2005,
condicionado a las propiedades de la secuencia en la ronda 1 (predeterminado)
3 ajuste de puntuación basado en la composición como en Bioinformática 21: 902-911, 2005,
incondicionalmente en la ronda 1

Cuando se utilizan estadísticas basadas en composición, agregar u (no distingue entre mayúsculas y minúsculas) a la
El argumento solicita un valor p unificado que combina el valor p de alineación y el valor p composicional
valor en la ronda 1 solamente.

-t N (mega explosión)
Longitud de una plantilla de palabras no contiguas (palabra contigua si 0 [predeterminado])

-u (explosión2)
Realice solo alineación sin espacios (siempre VERDADERO para tblastx)

-u str (explosióncl3)
Restringir la búsqueda de la base de datos a los resultados de la búsqueda de Entrez2

-u N (explosiónpgp)
Salida ASN.1 Scoremat de datos de puntos de control:
0 sin salida de marcador (predeterminado)
1 archivo de punto de control de puntuación ASCII de salida (requiere -J)
Archivo de punto de control de scoremat binario de 2 salidas (requiere -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Número de descripciones de una línea para mostrar (V) (predeterminado =
500).

-w N (explosión2)
Tamaño de la ventana (distancia máxima permitida entre un par de hits iniciales; 0 invoca
comportamiento predeterminado, -1 desactiva múltiples visitas)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
Penalización por desplazamiento de fotogramas (algoritmo OOF para blastx)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) X caída para extensiones sin espacios en bits (0.0 invoca el valor predeterminado
comportamiento: 20 para blastn, 10 para megablast y 7 para todos los demás).

-y N (mega explosión)
Valor de caída X para la extensión sin espacios (el valor predeterminado es 10)

-z N (explosión2)
Longitud de intrón más larga para enlaces HSP con espacios desiguales (solo tblastn; el valor predeterminado es 0)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
megablast, rpsblast) Longitud efectiva de la base de datos (use cero para el tamaño real)

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