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mia-3dimagefilterstack: en línea en la nube

Ejecute mia-3dimagefilterstack en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks sobre Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS

Este es el comando mia-3dimagefilterstack que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.

PROGRAMA:

NOMBRE


mia-3dimagefilterstack: filtra una serie de imágenes 3D.

SINOPSIS


pila de filtro de imagen mia-3d -i -o -t [opciones]


DESCRIPCIÓN


pila de filtro de imagen mia-3d Este programa se utiliza para filtrar y convertir un número consecutivo
serie de imágenes de escala de grises. Los nombres de archivo deben seguir el patrón 'dataXXXX.v' (X es
dígitos), es decir, la numeración viene justo antes del punto.

OPCIONES


-i --in-file = (entrada, obligatorio); io
imagen (s) de entrada que se filtrarán Para conocer los tipos de archivos admitidos, consulte
PLUGINS: 3dimage / io

-o --out-file = (salida, obligatorio); io
base del nombre del archivo de salida, los números se agregan de acuerdo con el archivo de entrada
patrón, y la extensión del archivo se agrega de acuerdo con la opción 'tipo'.
Para conocer los tipos de archivos admitidos, consulte PLUGINS: 3dimage / io

-t --type = (obligatorio); colocar
tipo de archivo de salida tipo de archivo de salida
Soportado valores están:( analizar, grupo de datos, dicom, hdf5, inría, mhd,
nifti, vff, ver vti, vtk, )

Ayuda & Información
-V --verbose = advertencia
verbosidad de la salida, imprimir mensajes de nivel dado y prioridades más altas.
Las prioridades admitidas que comienzan en el nivel más bajo son:
info - Mensajes de bajo nivel
rastrear - Seguimiento de llamadas a funciones
fallar - Informar fallas en las pruebas
advertencia - Advertencias
error - Informar errores
depurar - Salida de depuración
mensaje - Mensajes normales
fatal - Informar solo errores fatales

--derechos de autor
imprimir información de derechos de autor

-h --ayuda
imprime esta ayuda

-? --uso
imprimir una breve ayuda

--versión
imprima el número de versión y salga

Procesamiento
--threads = -1
Número máximo de subprocesos a utilizar para el procesamiento, este número debe ser menor
o igual al número de núcleos de procesador lógico en la máquina. (-1:
estimación automática) .Número máximo de subprocesos a utilizar para el procesamiento, esto
El número debe ser menor o igual al número de núcleos de procesador lógico en
la máquina. (-1: estimación automática).

COMPLEMENTOS: 1d / spacialkernel


cdiff Se utilizan condiciones de límite de espejo, núcleo de filtro de diferencia central.

(sin parámetros)

gauss kernel de filtro de Gauss espacial, los parámetros admitidos son:

w = 1; uint en [0, inf)
la mitad del ancho del filtro.

COMPLEMENTOS: 1d / splinebc


espejo Condiciones de límite de interpolación de splines que reflejan el límite

(sin parámetros)

repetir Condiciones de límite de interpolación de splines que repiten el valor en el límite

(sin parámetros)

cero Condiciones de límite de interpolación spline que asumen cero para valores fuera

(sin parámetros)

COMPLEMENTOS: 1d / splinekernel


bspline Creación de kernel B-spline, los parámetros admitidos son:

d = 3; int en [0, 5]
Grado de spline.

mamás Creación de kernel OMoms-spline, los parámetros admitidos son:

d = 3; int en [3, 3]
Grado de spline.

COMPLEMENTOS: 3dimagen / combinador


absdiff Combinador de imágenes 'absdiff'

(sin parámetros)

add Combinador de imágenes 'agregar'

(sin parámetros)

div Combinador de imágenes 'div'

(sin parámetros)

mul Combinador de imágenes 'mul'

(sin parámetros)

por debajo Combinador de imágenes 'sub'

(sin parámetros)

COMPLEMENTOS: 3dimagen / filtro


paso de banda filtro de paso de banda de intensidad, los parámetros admitidos son:

max = 3.40282e + 38; flotador
máximo de la banda.

min = 0; flotador
mínimo de la banda.

binarizar filtro de binarización de imagen, los parámetros admitidos son:

max = 3.40282e + 38; flotador
máximo del rango aceptado.

min = 0; flotador
mínimo del rango aceptado.

Cerrar cierre morfológico, los parámetros soportados son:

indirecta = negro; cuerda
una pista sobre el contenido de la imagen principal (negro | blanco).

dar forma a = [esfera: r = 2]; fábrica
elemento estructurante. Para conocer los complementos compatibles, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

combinar Combine dos imágenes con el operador de combinación dado. si 'reverse' se establece en
falso, el primer operador es la imagen pasada a través de la canalización del filtro, y
la segunda imagen se carga desde el archivo dado con el parámetro 'imagen' el
En el momento en que se ejecuta el filtro, los parámetros admitidos son:

imagen = (entrada, requerido, cadena)
segunda imagen que se necesita en el combinador.

op = (requerido, fábrica)
Combinador de imágenes para aplicar a las imágenes. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 3dimage / combinador

marcha atrás = 0; bool
invertir el orden en que las imágenes pasaron al combinador.

convertir filtro de conversión de formato de píxeles de imagen, los parámetros admitidos son:

a = 1; flotador
parámetro de conversión lineal a.

b = 0; flotador
parámetro de conversión lineal b.

mapa = opt; dictar
mapeo de conversión. Los valores admitidos son:
optar - aplicar una transformación lineal que asigne el rango de entrada real a
el rango de salida completo
distancia - aplicar transformación lineal que mapea el tipo de datos de entrada
rango al rango del tipo de datos de salida
copia - copiar datos al convertir
lineal - aplicar transformación lineal x -> a * x + b
optstat - aplicar una transformada lineal que mapee en función de la media de entrada y
variación al rango de salida completo

representante = ubyte; dictar
tipo de píxel de salida. Los valores admitidos son:
ninguna - sin tipo de píxel definido
flotar - coma flotante de 32 bits
sbyte - firmado de 8 bits
largo - 64 bits sin firmar
doble - coma flotante de 64 bits
sint - firmado de 32 bits
corto - 16 bits sin firmar
corto - firmado de 16 bits
uint - 32 bits sin firmar
largo - firmado de 64 bits
poco - datos binarios
UBYTE - 8 bits sin firmar

cultivo Recorta una región de una imagen, la región siempre se sujeta a la imagen original
tamaño en el sentido de que se mantiene el rango dado., los parámetros admitidos son:

final = [[4294967295,4294967295,4294967295]]; transmitible
fin del rango de cultivo, máximo = (-1, -1, -1).

comienzo = [[0,0,0]]; transmitible
comienzo del rango de cultivo.

se expande Filtro de dilatación de pila de imágenes 3d, los parámetros admitidos son:

indirecta = negro; cuerda
una pista sobre el contenido de la imagen principal (negro | blanco).

dar forma a = [esfera: r = 2]; fábrica
elemento estructurante. Para conocer los complementos compatibles, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

distancia Evalúe la transformación de distancia 3D de una imagen. Si la imagen es una máscara binaria,
entonces el resultado de la transformación de distancia en cada punto corresponde a la Euclidiana
distancia a la máscara. Si la imagen de entrada tiene un valor de píxel escalar, entonces la
este escalar se interpreta como campo alto y el valor por píxel se suma al
distancia.

(sin parámetros)

bajar de escala Reducir la escala de la imagen de entrada utilizando un tamaño de bloque determinado para definir la escala descendente
factor. Antes de escalar la imagen se filtra mediante un filtro de suavizado para
elimine los datos de alta frecuencia y evite los artefactos de alias., compatible
los parámetros son:

b = [[1,1,1]]; 3dlímites
tamaño de bloque.

bx = 1; uint en [1, inf)
tamaño de bloque en la dirección x.

by = 1; uint en [1, inf)
tamaño de bloque en la dirección y.

bz = 1; uint en [1, inf)
tamaño de bloque en la dirección z.

núcleo = gauss; cuerda
kernel de filtro de suavizado que se va a aplicar, se estima el tamaño del filtro
basado en el tamaño del bloque ..

erosionar Filtro de erosión de pila de imágenes 3d, los parámetros admitidos son:

indirecta = negro; cuerda
una pista sobre el contenido de la imagen principal (negro | blanco).

dar forma a = [esfera: r = 2]; fábrica
elemento estructurante. Para conocer los complementos compatibles, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

gauss filtro gauss 3D isotrópico, los parámetros admitidos son:

w = 1; int en [0, inf)
parámetro de ancho de filtro.

norma graduada Imagen 3D a filtro de norma de degradado

(sin parámetros)

mascarilla Utilice una máscara binaria de entrada y una imagen de escala de grises de referencia para hacer crecer la región
agregando los píxeles de la vecindad de un píxel ya agregado si tienen un menor
intensidad que está por encima del umbral dado., los parámetros admitidos son:

min = 1; flotador
umbral más bajo para el crecimiento de la máscara.

ref. = (entrada, requerido, cadena)
imagen de referencia para el crecimiento de la región de la máscara.

dar forma a = 6n; fábrica
máscara de barrio. Para conocer los complementos compatibles, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

invertir filtro de inversión de intensidad

(sin parámetros)

isovoxel Este filtro escala una imagen para hacer que el tamaño del vóxel sea isométrico y su tamaño a
corresponden al valor dado, los parámetros admitidos son:

interpretar = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel de interpolación que se utilizará. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

tamaño = 1; flotar en (0, inf)
tamaño de vóxel objetivo isométrico.

k significa Filtro k-medias de imagen 3D. En la imagen de salida, el valor de píxel representa el
la pertenencia a la clase y los centros de la clase se almacenan como atributo en la imagen.
los parámetros admitidos son:

c = 3; int en [2, inf)
número de clases.

etiqueta Un filtro para etiquetar los componentes conectados de una imagen binaria., Compatible
los parámetros son:

n = 6n; fábrica
máscara de barrio. Para conocer los complementos compatibles, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

mapa de etiquetas Filtro de imagen para reasignar identificadores de etiquetas. Solo aplicable a imágenes con valor entero
intensidades / etiquetas., los parámetros admitidos son:

mapa = (entrada, requerido, cadena)
Archivo de mapeo de etiquetas.

escala de etiquetas
Un filtro que solo crea vóxeles de salida que ya están creados en la entrada.
imagen. El escalado se realiza mediante algoritmos de votación que seleccionan el objetivo.
valor de píxel basado en el recuento de píxeles más alto de una determinada etiqueta en el
región de origen correspondiente. Si la región comprende dos etiquetas con el mismo
cuenta, gana el que tenga el número más bajo. Los parámetros admitidos son:

enorme = (requerido, 3dbounds)
tamaño objetivo dado como dos valores separados por coma.

carga Cargue la imagen de entrada de un archivo y utilícela para reemplazar la imagen actual en el
pipeline., los parámetros admitidos son:

presentar = (entrada, requerido, cadena)
nombre del archivo de entrada desde el que cargar ..

lvdownscale
Este es un filtro de escala de votación de etiquetas. Adopta una imagen 3D por bloques.
Para cada bloque, la etiqueta (distinta de cero) que aparece la mayoría de las veces en el bloque es
emitido como píxel de salida en la imagen de destino. Si dos etiquetas aparecen con el mismo número
A menudo, gana el que tiene el valor absoluto más bajo. Los parámetros admitidos son:

b = [[1,1,1]]; 3dlímites
tamaño de bloque para la reducción de escala. Cada bloque estará representado por un píxel
en la imagen de destino ...

máscara Enmascara una imagen, una imagen se toma de la lista de parámetros y la otra de
la entrada de filtro normal. Ambas imágenes deben tener las mismas dimensiones y una debe
ser binario. Los atributos de la imagen que llega a través de la canalización del filtro son
Preservado. El tipo de píxel de salida corresponde a la imagen de entrada que no es
binary., los parámetros admitidos son:

datos de entrada = (entrada, requerido, cadena)
segundo nombre de archivo de imagen de entrada.

personalizado Filtro medio de imagen 3D, los parámetros admitidos son:

w = 1; int en [1, inf)
la mitad del ancho del filtro.

media filtro 3d mediano, los parámetros admitidos son:

w = 1; int en [1, inf)
parámetro de ancho de filtro.

mlv Media de la mínima varianza del filtro de imagen 3D, los parámetros admitidos son:

w = 1; int en [1, inf)
parámetro de ancho de filtro.

msnormalizador
Filtro de normalización media-sigma de imagen 3D, los parámetros admitidos son:

w = 1; int en [1, inf)
la mitad del ancho del filtro.

abiertas Los parámetros morfológicos abiertos y admitidos son:

indirecta = negro; cuerda
una pista sobre el contenido de la imagen principal (negro | blanco).

dar forma a = [esfera: r = 2]; fábrica
elemento estructurante. Para conocer los complementos compatibles, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

reorientar Filtro de reorientación de imagen 3D, los parámetros admitidos son:

mapa = xyz; dictar
mapeo de oriantación que se aplicará. Los valores admitidos son:
p-zxy - permuta x-> y-> z-> x
r-x180 - girar alrededor del eje x en el sentido de las agujas del reloj 180 grados
xyz - mantener la orientación
p-yzx - permuta x-> z-> y-> x
r-z180 - girar alrededor del eje z en el sentido de las agujas del reloj 180 grados
r-y270 - girar alrededor del eje y en el sentido de las agujas del reloj 270 grados
f-xz - voltear xz
f-yz - voltear yz
r-x90 - girar alrededor del eje x en el sentido de las agujas del reloj 90 grados
r-y90 - girar alrededor del eje y en el sentido de las agujas del reloj 90 grados
r-x270 - girar alrededor del eje x en el sentido de las agujas del reloj 270 grados
r-z270 - girar alrededor del eje z en el sentido de las agujas del reloj 270 grados
r-z90 - girar alrededor del eje z en el sentido de las agujas del reloj 90 grados
f-xy - voltear xy
r-y180 - girar alrededor del eje y en el sentido de las agujas del reloj 180 grados

cambiar el tamaño Cambiar el tamaño de una imagen. Los datos originales se centran dentro de la imagen de nuevo tamaño.
los parámetros admitidos son:

tamaño = [[0,0,0]]; transmitible
nuevo tamaño de la imagen, un tamaño 0 indica para mantener el tamaño para el
dimensión correspondiente ..

lijar filtro 3d de sal y pimienta, los parámetros admitidos son:

trillar = 100; flotar en [0, inf)
valor de umbral.

w = 1; int en [1, inf)
parámetro de ancho de filtro.

escala Filtro de imagen 3D que se escala a un tamaño de destino determinado, los parámetros admitidos son:

interpretar = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel de interpolación que se utilizará. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

s = [[0,0,0]]; 3dlímites
tamaño de destino para configurar todos los componentes a la vez (componente 0: use la imagen de entrada
Talla).

sx = 0; uint en [0, inf)
tamaño de destino en la dirección x (0: use el tamaño de la imagen de entrada).

sy = 0; uint en [0, inf)
tamaño objetivo en la dirección y (0: use el tamaño de la imagen de entrada).

sz = 0; uint en [0, inf)
tamaño objetivo en la dirección y (0: use el tamaño de la imagen de entrada).

selectbig Un filtro que crea una máscara binaria que representa la intensidad con la mayor
recuento de píxeles El valor de píxel 0 se ignorará, y si dos intensidades tienen la
mismo recuento de píxeles, el resultado no está definido. El píxel de entrada debe tener un
tipo de píxel integral.

(sin parámetros)

sepconv Filtro de convolución separado de intensidad de imagen 3D, los parámetros admitidos son:

kx = [gauss: w = 1]; fábrica
filtrar el núcleo en la dirección x. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / spacialkernel

ky = [gauss: w = 1]; fábrica
filtrar el núcleo en la dirección y. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / spacialkernel

kz = [gauss: w = 1]; fábrica
filtrar el núcleo en la dirección z. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 1d / spacialkernel

sws cabeza de agua sembrada. El algoritmo extrae exactamente tantas regiones como inicial
Las etiquetas se dan en la imagen inicial. Los parámetros admitidos son:

grad = 0; bool
Interprete la imagen de entrada como degradado. .

marca = 0; bool
Marque las cuencas hidrográficas segmentadas con un valor de escala de grises especial.

n = [esfera: r = 1]; fábrica
Vecindario para la región de la cabecera del agua en crecimiento. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 3dimagen / forma

semilla = (entrada, requerido, cadena)
imagen de entrada inicial que contiene las etiquetas para las regiones iniciales.

tee Guarde la imagen de entrada en un archivo y también páselo al siguiente filtro,
los parámetros admitidos son:

presentar = (salida, requerido, cadena)
nombre del archivo de salida para guardar la imagen también.

afinar Adelgazamiento morfológico 3D, basado en: Lee y Kashyap, 'Building Skeleton Models
a través de algoritmos de adelgazamiento de eje / superficie medial 3-D, modelos gráficos e imagen
Procesando, 56(6): 462-478, 1994. Esta implementación solo es compatible con 26
vecindario.

(sin parámetros)

transformar Transforma la imagen de entrada con la transformación dada., Parámetros admitidos
son:

presentar = (entrada, requerido, cadena)
Nombre del archivo que contiene la transformación.

imglímite =; cuerda
anular las condiciones de contorno de interpolación de imágenes.

imgkernel =; cuerda
anular el kernel del interpolador de imágenes.

diferencia Filtro de variación de imagen 3D, los parámetros admitidos son:

w = 1; int en [1, inf)
la mitad del ancho del filtro.

ws segmentación básica de la cabecera. Los parámetros admitidos son:

evaluación = 0; bool
Establézcalo en 1 si la imagen de entrada no representa una imagen de norma de degradado.

marca = 0; bool
Marque las cuencas hidrográficas segmentadas con un valor de escala de grises especial.

n = [esfera: r = 1]; fábrica
Vecindario para la región de la cabecera del agua en crecimiento. Para conocer los complementos compatibles, consulte
PLUGINS: 3dimagen / forma

trillar = 0; flotar en [0, 1)
Umbral normativo de gradiente relativo. El valor umbral del valor real es
thresh * (max_grad - min_grad) + min_grad. Bassins separados por gradientes
con una norma inferior se unirá.

COMPLEMENTOS: 3dimage / io


analizar Analizar imagen 7.5

Extensiones de archivo reconocidas: .HDR, .hdr

Tipos de elementos admitidos:
8 bits sin firmar, 16 bits firmados, 32 bits firmados, coma flotante 32 bits,
coma flotante de 64 bits

grupo de datos E / S virtual hacia y desde el grupo de datos interno

Extensiones de archivo reconocidas:. @

dicom Serie de imágenes Dicom en 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .DCM, .dcm

Tipos de elementos admitidos:
16 bits firmados, 16 bits sin firmar

hdf5 E / S de imagen HDF5 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .H5, .h5

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, 64 bits firmados, 64 bits sin firmar, flotantes
punto de 32 bits, punto flotante de 64 bits

inría Imagen INRIA

Extensiones de archivo reconocidas: .INR, .inr

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

mhd E / S de imagen MetaIO 3D utilizando la implementación VTK (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

nifti E / S de imagen 1D NIFTI-3

Extensiones de archivo reconocidas: .NII, .nii

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bits sin firmar, 64 bits firmados, 64 bits sin firmar, coma flotante 32
bit, coma flotante 64 bit

vff Formato ráster VFF Sun

Extensiones de archivo reconocidas: .VFF, .vff

Tipos de elementos admitidos:
8 bits sin firmar, 16 bits con signo

vista Vista 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, coma flotante 32 bits, coma flotante 64
poco

vti Entrada y salida de imagen 3D VTK-XML (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .VTI, .vti

Tipos de elementos admitidos:
firmado de 8 bits, sin firmar de 8 bits, firmado de 16 bits, sin firmar de 16 bits, firmado de 32
bit, 32 bit sin signo, 32 bit de coma flotante, 64 bit de coma flotante

vtk Entrada y salida heredada de imágenes 3D VTK (experimental).

Extensiones de archivo reconocidas: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Tipos de elementos admitidos:
datos binarios, 8 bits con signo, 8 bits sin firmar, 16 bits con signo, 16 bits sin firmar,
32 bits firmados, 32 bits sin firmar, coma flotante 32 bits, coma flotante 64
poco

COMPLEMENTOS: 3dimagen / forma


18n Creador de formas 18D de barrio 3n

(sin parámetros)

26n Creador de formas 26D de barrio 3n

(sin parámetros)

6n Creador de formas 6D de barrio 3n

(sin parámetros)

esfera Vecindad de forma esférica cerrada que incluye los píxeles dentro de un radio determinado
r., los parámetros admitidos son:

r = 2; flotar en (0, inf)
radio de esfera.

COMPLEMENTOS: 3dtransform / io


bbs E / S serializada binaria (no portátil) de transformaciones 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .bbs

grupo de datos E / S virtual hacia y desde el grupo de datos interno

Extensiones de archivo reconocidas:. @

vista Vista de almacenamiento de transformaciones 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .v, .v3dt

xml IO serializado XML de transformaciones 3D

Extensiones de archivo reconocidas: .x3dt

EJEMPLO


Ejecute un filtro de media-mínima-varaianza en una serie de imágenes que siguen el patrón de numeración
imageXXXX.hdr y almacenar la salida en imágenes filtradasXXXX.hdr

mia-3dimagefilterstack -i image0000.hdr -o filtrado -t hdr mlv: w = 2

AUTOR (es)


Gert Wollny

DERECHOS DE AUTOR


Este software tiene Copyright (c) 1999-2015 Leipzig, Alemania y Madrid, España. Viene
con ABSOLUTAMENTE NINGUNA GARANTÍA y puede redistribuirlo bajo los términos de GNU
LICENCIA PÚBLICA GENERAL Versión 3 (o posterior). Para obtener más información, ejecute el programa con el
opción '--copyright'.

Utilice mia-3dimagefilterstack en línea utilizando los servicios de onworks.net


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