mincresample - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

mincresample: vuelve a muestrear un archivo minc a lo largo de nuevas dimensiones espaciales

SINOPSIS

mincremuestra [ ]

DESCRIPCIÓN

Mincremuestra volverá a muestrear un archivo minc a lo largo de nuevas dimensiones espaciales con un nuevo vóxel
posiciones. Cada volumen en el archivo de entrada (dado por las dimensiones espaciales xspace, yspace
y zspace) se vuelve a muestrear de acuerdo con las opciones de la línea de comandos. Las dimensiones no espaciales son
conservados en su orden original, pero las dimensiones espaciales se pueden reordenar para dar
imágenes transversales, sagitales o coronales. Los nuevos valores de vóxel se calculan utilizando tri-
interpolación lineal, tricúbica o del vecino más cercano.

MUNDO COORDENADAS

Las coordenadas mundiales se refieren a coordenadas milimétricas relativas a algún origen físico
(ya sea el escáner o alguna estructura anatómica). Las coordenadas de vóxeles son simplemente las
índices en el volumen de imagen de un vóxel dado. Para especificar apropiado
opciones de remuestreo, es necesario comprender cómo funcionan las conversiones de coordenadas MINC.

Cada dimensión de un volumen de imagen MINC se especifica por nombre; las dimensiones espaciales son
xspace, yspace y zspace. La convención es que las coordenadas xspace positivas van desde el
del lado izquierdo del paciente al lado derecho, las coordenadas del espacio y positivas van desde la parte posterior del paciente
a anterior y las coordenadas del espacio z positivas van de inferior a superior. Para cada uno de
estas dimensiones espaciales, la conversión de coordenadas mundiales se especifica mediante un par de
atributos: paso y comienzo. La coordenada mundial xspace, por ejemplo, se calcula usando x
= v * paso + inicio, donde x es la coordenada mundial x yv es el recuento de vóxeles (comenzando en
cero). Por tanto, la magnitud del atributo de paso especifica la distancia entre vóxeles y
el signo del atributo de paso especifica la orientación del eje.

Hay un giro adicional: los archivos MINC pueden tener ejes no ortogonales con el
dimensiones no perfectamente alineadas con el eje nombrado. Puede haber un direction_cosine
atributo que da la verdadera orientación del eje. Por ejemplo, normalmente el xspace
la dimensión debe estar alineada con el eje x del mundo, es decir. coseno de dirección = (1,0,0); sin embargo,
es posible tener un coseno de dirección de (0.9, 0.43589, 0).

Estos atributos (step, start y direction_cosines) proporcionan una conversión de voxel
coordenadas a coordenadas mundiales. Combinado con varios elementos o muestras a lo largo de un
eje, proporcionan una descripción completa de dónde debería estar el muestreo de salida.
Sin embargo, cuando volvemos a muestrear datos, con frecuencia nos interesa un cambio de mundo.
coordenadas: desde el sistema de coordenadas de un escáner de resonancia magnética hasta el sistema de coordenadas de un escáner PET,
por ejemplo, o de un volumen en su espacio de adquisición a coordenadas en un estandarizado
espacio. Este cambio de coordenadas mundiales se puede especificar mediante el uso de un
archivo de transformación (.xfm). Por tanto, en general, el remuestreo implica tres
transformaciones: desde las coordenadas del vóxel del archivo de entrada hasta sus coordenadas mundiales
(especificado por el archivo de entrada), desde las coordenadas del mundo de entrada hasta el mundo de salida
coordenadas (especificadas por el archivo de transformación), y del mundo del archivo de salida
coordenadas a sus coordenadas de vóxel (especificadas por las opciones de la línea de comandos).

En general, los cosenos de dirección rara vez se utilizan; la reorientación del eje se especifica mediante un
cambio de coordenadas mundiales (el archivo de transformación). Además, las posiciones de remuestreo
(conversión de mundo de salida a vóxel) a menudo se especifican en relación con un archivo de modelo (es decir.
vuelva a muestrear este archivo para que se parezca a ese archivo). Aunque hay muchas opciones para
especificación completa de la transformación, normalmente no es necesario especificar más
que algunos de ellos.

CAMPUS

Tenga en cuenta que las opciones se pueden especificar en forma abreviada (siempre que sean únicas) y
se puede dar en cualquier lugar de la línea de comando.

General opciones

-2 Cree archivos de salida en formato MINC 2.0.

-golpear
Sobrescribe un archivo existente.

-noclobber
No sobrescriba un archivo existente (predeterminado).

-verboso
Imprima la información de progreso para cada corte calculado (predeterminado).

-tranquilo No imprima información de progreso.

Remuestreo especificación

Opciones que dan el muestreo de salida (todas las siguientes excepto -transformación) son
analizados en el orden en que aparecen en la línea de comando. Por lo tanto, un comando con -Como
archivo.mnc -znelementos 34 -zpaso 2 dará una muestra como esa en el archivo en archivo.mnc pero
con 34 muestras a 2 mm a lo largo del zspace eje. El muestreo predeterminado se toma del
archivo de entrada, transformado de acuerdo con cualquier transformación.

-transformación archivo.xfm
Especifique un archivo que proporcione la transformación de coordenadas mundiales (el valor predeterminado es la identidad
transformación).

-invertir_transformación
Invierte la transformación antes de usarlo.

-noinvertir_transformación
No invierta la transformación (predeterminado).

-tfm_input_sampling
Transforme el muestreo de entrada (utilizando la transformación especificada por -transformación)
junto con los datos y utilícelo como muestreo predeterminado (predeterminado).

-use_input_sampling
Utilice el muestreo de entrada como muestreo predeterminado, tal cual, sin transformación, incluso
aunque los datos se están transformando (comportamiento antiguo).

-Como archivo.mnc
Especifique un archivo de modelo que proporcione el mundo de salida a la transformación y el número de vóxeles
de elementos (es decir, transformar este archivo para que se vea así).

-muestreo_estándar
Establezca el muestreo en valores estándar (inicio = 0, paso = 1, punto de cosenos de dirección
a lo largo de los ejes apropiados).

-tipo de espacio cadena
Establezca el nombre del espacio de salida (generalmente nativo____ or talairach_).

-talairach
Establezca el nombre del espacio de salida en talairach_.

-unidades cadena
Configure las unidades del espacio de salida.

-origen ox oy oz
Especifique la coordenada del primer vóxel. Este no es el mismo que el valor inicial.
si los cosenos de dirección no son estándar. Además, el comienzo no es solo un
proyección perpendicular del origen sobre el eje, es una proyección paralela
(como en una proyección de paralelogramo multidimensional). La conversión se maneja
correctamente con esta opción.

-elementos nx ny nz
Número de elementos a lo largo de cada una de las dimensiones del mundo.

-xnelementos nx
Número de elementos a lo largo de la dimensión xspace.

-lementos ny
Número de elementos a lo largo de la dimensión del espacio y.

-znelementos nz
Número de elementos a lo largo de la dimensión del espacio z.

-paso paso x paso paso z
Pase entre vóxeles a lo largo de cada una de las dimensiones del mundo.

-xpaso paso x
Pase entre vóxeles a lo largo de la dimensión xspace.

-sistema paso
Pase entre vóxeles a lo largo de la dimensión del espacio y.

-zpaso paso z
Pase entre vóxeles a lo largo de la dimensión del espacio z.

-Comienzo xinicio yempezar inicio z
Posición del centro del primer vóxel a lo largo de cada una de las dimensiones del mundo.

-xinicio xinicio
Posición del centro del primer vóxel a lo largo de la dimensión xspace.

-ystart yempezar
Posición del centro del primer vóxel a lo largo de la dimensión del espacio y.

-zinicio inicio z
Posición del centro del primer vóxel a lo largo de la dimensión del espacio z.

-dircos x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
Cosenos de dirección para cada uno de los ejes del mundo.

-xdircos x1 x2 x3
Cosenos de dirección para la dimensión xspace.

-ydircos y1 y2 y3
Cosenos de dirección para la dimensión del espacio y.

-zdircos z1 z2 z3
Cosenos de dirección para la dimensión del espacio z.

Dimensiones pedido

El valor predeterminado es conservar el orden de dimensión original.

-transverso
Escribe cortes transversales.

-sagital
Escribe cortes sagitales.

-coronal
Escribe cortes coronales.

Salida datos tipo y distancia

El valor predeterminado para tipo, signo y rango válido es usar los del archivo de entrada. Si el tipo es
especificado, tanto el signo como el rango válido se establecen en el valor predeterminado para ese tipo. Si el signo es
especificado, el rango válido se establece en el valor predeterminado para el tipo y el signo.

-byte Almacene los vóxeles de salida en formato entero de 8 bits.

-corto Almacene los vóxeles de salida en formato entero de 16 bits.

-En t Almacene los vóxeles de salida en formato entero de 32 bits.

-largo Sustituida por -En t.

-flotador Almacene los vóxeles de salida en formato de coma flotante de 32 bits.

-doble
Almacene los vóxeles de salida en formato de coma flotante de 64 bits.

-firmado
Escriba los valores como enteros con signo (predeterminado para cortos y largos). Ignorado por
tipos de coma flotante.

-no firmado
Escriba los valores como enteros sin signo (predeterminado para byte). Ignorado por flotar
tipos de puntos.

-rango min max
especifica el rango válido de valores de vóxeles de salida. El valor predeterminado es el rango completo para el
escriba y firme. Esta opción se ignora para los valores de coma flotante.

-mantener_rango_real
Conservar el mínimo y el máximo reales del volumen de entrada, de modo que los valores sean
escalado de la misma manera en la salida. Esto es particularmente útil para remuestrear etiquetas
volúmenes donde interpolar valores de intensidad no tiene sentido.

-nokeep_real_range
Vuelva a calcular el mínimo y el máximo reales para cada segmento de salida. Este es el predeterminado.

Manejo of indefinido (inválido) Voxel valores

-llenar Los vóxeles de salida que quedan fuera del volumen de entrada tienen valores indefinidos. Cuando el
-llenar se utiliza la opción, estos vóxeles reciben un valor que está fuera de los valores válidos.
rango (menor que el mínimo válido, si el tipo, signo y rango válido lo permiten) por lo que
que pueden ser detectados por otro software. Los valores de estos vóxeles no son
incluido en el imagen-max y imagen-min variables.

-sin relleno
Utilice un valor real / físico (no un valor de vóxel) de cero para los puntos fuera de la entrada
volumen. Estos puntos se incluyen en el cálculo de la imagen-max y imagen-min
variables. Este es el predeterminado.

-valor de relleno valor de relleno
Especifica un valor real / físico (no un valor de vóxel) para puntos fuera de la entrada
volumen. Los puntos no se incluyen en el cálculo de la imagen-max y imagen-
min variables.

Interpolación opciones

-trilineal
Haz una interpolación tri-lineal entre vóxeles. Los bordes del volumen están en el
centro del primer y último vóxeles de una dimensión. Este es el predeterminado.

-tricúbico
Haz una interpolación tricúbica entre vóxeles. Los bordes del volumen están en el
centro del primer y último vóxeles de una dimensión.

-El vecino mas cercano
Haga la interpolación del vecino más cercano entre vóxeles (es decir, encuentre el vóxel más cercano a
el punto y use su valor). Los bordes del volumen están en el borde del primer
y últimos vóxeles de una dimensión (centro +/- separación de medio vóxel).

-sinc Realice una interpolación sinc de ventana renormalizada entre vóxeles, como lo describe Thacker
et al. JMRI 10: 582 - 588 (1999).

-anchura n
Especifica la mitad de ancho del kernel de interpolación sinc, en el rango de 1 a
10. El ancho total del núcleo sinc es n * 2 + 1, por lo que varía de 3 a 21.
El valor predeterminado es 5, lo que da un ancho completo de 11.

-hanning
Utilice una ventana de Hanning con el interpolante sinc. Este es el predeterminado.

martilleo
Utilice una ventana de Hamming con el interpolante sinc.

Generic opciones

-ayuda Imprima un resumen de las opciones de la línea de comandos y salga.

-versión
Imprima el número de versión del programa y salga.

EJEMPLOS

Vuelva a muestrear el cerebro de un individuo en un espacio estandarizado en una cuadrícula de muestreo estándar:

mincresample individual.mnc in_std_space.mnc \
-transform transform_a_standard_space.xfm \
-como standard_sampling.mnc

Vuelva a muestrear un volumen de resonancia magnética para que coincida con un volumen de PET, pero con una resolución más fina:

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-transformar mri_a_pet.xfm -como pet.mnc \
-paso 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-elementos 256 256

Convierta un volumen transversal en un volumen sagital:

mincremuestra transversal.mnc sagital.mnc \
-sagital -más cercano

Convierta un volumen transversal de 256x256x64 (1x1x2mm) en un volumen sagital de 256x128x256 (1x1x1mm):

mincresample transversal.mnc sagital.mnc -sagital \
-zpaso 1 -znelem 128

Obtenga un muestreo axial más fino en un volumen de PET:

mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zpaso 2 -znelementos 46

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