Este es el comando needlee que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
aguja: alineación global de Needleman-Wunsch de dos secuencias
SINOPSIS
aguja -una secuencia secuencia -bsecuencia Seqall [-archivo de datos matrizf] -brecha flotar
-gape extender flotar [-peso final booleano] [-endoabierto flotar] [-extender flotar]
-breve booleano -archivo de salida alinear
aguja -ayuda
DESCRIPCIÓN
aguja es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del grupo (s) de comando "Alineación: Global".
OPCIONES
Entrada .
-una secuencia secuencia
-bsecuencia Seqall
-archivo de datos matrizf
Este es el archivo de matriz de puntuación que se utiliza al comparar secuencias. Por defecto es el
archivo 'EBLOSUM62' (para proteínas) o el archivo 'EDNAFULL' (para secuencias nucleicas). Estas
Los archivos se encuentran en el directorio "datos" de la instalación de EMBOSS.
Requerido .
-brecha flotar
La penalización por espacio abierto es la puntuación que se quita cuando se crea un espacio. El mejor valor
depende de la elección de la matriz de comparación. El valor predeterminado asume que está utilizando
la matriz EBLOSUM62 para secuencias de proteínas y la matriz EDNAFULL para nucleótidos
secuencias. Valor predeterminado: @ ($ (acdprotein)? 10.0: 10.0)
-gape extender flotar
La extensión de espacio, la penalización se agrega a la penalización de espacio estándar para cada base o
Residuos en la brecha. Así es como se penalizan las brechas. Por lo general, esperará algunos
espacios largos en lugar de muchos espacios cortos, por lo que la penalización por extensión del espacio debe ser menor
que la penalización por hueco. Una excepción es cuando una o ambas secuencias son lecturas únicas
con posibles errores de secuenciación, en cuyo caso cabría esperar muchos huecos de una sola base.
Puede obtener este resultado estableciendo la penalización por apertura de espacio en cero (o muy baja) y
usar la penalización de extensión de espacios para controlar la puntuación de espacios. Valor por defecto:
@ ($ (acdprotein)? 0.5: 0.5)
Beneficios adicionales .
-peso final booleano
Valor predeterminado: N
-endoabierto flotar
La penalización de apertura de la brecha final es la puntuación que se quita cuando se crea una brecha final. Lo mejor
El valor depende de la elección de la matriz de comparación. El valor predeterminado asume que estás
utilizando la matriz EBLOSUM62 para secuencias de proteínas y la matriz EDNAFULL para
secuencias de nucleótidos. Valor predeterminado: @ ($ (acdprotein)? 10.0: 10.0)
-extender flotar
La extensión de la brecha final, la penalización se agrega a la penalización de la brecha final para cada base o
residuo en el espacio final. Así es como se penalizan los huecos finales. Valor por defecto:
@ ($ (acdprotein)? 0.5: 0.5)
Salida .
-breve booleano
Identidad breve y similitud Valor predeterminado: Y
-archivo de salida alinear
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