Este es el comando obfit que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
obtener - superponer dos moléculas según un patrón
SINOPSIS
obtener Patrón SMARTS archivo fijo archivar
DESCRIPCIÓN
Superponga dos moléculas usando un ajuste de cuaternión. Los átomos utilizados para encajar las dos moléculas.
están definidos por el patrón SMARTS proporcionado por el usuario. Es útil alinear series congenéricas
de moléculas en un andamio estructural común para estudios 3D-QSAR. También puede ser útil para
mostrando los resultados de la generación conformacional.
Cualquier molécula que coincida con el patrón SMARTS suministrado se rotará y trasladará para proporcionar
el RMSD más pequeño posible entre las regiones coincidentes. Si una molécula no coincide con el
Patrón SMARTS, se generará sin transformación.
EJEMPLOS
Alinee todas las moléculas en 'testmv.sdf' en una sola molécula de 'testref.sdf' por
superponiéndolos en su porción de N-metilpiperidilo (y dando salida a un nuevo archivo SD al
salida estándar):
obfit '[nh] 1c2c (= O) n (C) c (= O) n (C) c2cc1' testref.sdf testmv.sdf
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