Este es el comando obminimize que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
obminimizar - optimizar la geometría, minimizar la energía de una molécula
SINOPSIS
obminimizar [OPCIONES] nombre de archivo
DESCRIPCIÓN
La herramienta obminimizar se puede utilizar para minimizar la energía de las moléculas dentro de (múltiples) moléculas
archivos (por ejemplo, MOL2, etc.)
OPCIONES
Si no se proporciona un nombre de archivo, obminimize ofrecerá todas las opciones, incluidas las disponibles
campos de fuerza.
-n pasos
Especifique el número máximo de pasos (predeterminado = 2500)
-cg Usar algoritmo de gradientes conjugados (predeterminado)
-Dakota del Sur Utilice el algoritmo de descenso más pronunciado
-c criterios
Establecer criterios de convergencia (predeterminado = 1e-6)
-ff campo de fuerza
Seleccione el campo de fuerza
EJEMPLOS
Vea las posibles opciones, incluidos los campos de fuerza disponibles:
obminimizar
Minimice la energía de la (s) molécula (s) en el archivo test.mol2:
obminimizar test.mol2
Minimice la energía de la (s) molécula (s) en el archivo test.mol2 usando el campo de fuerza Ghemical:
obminimize -ff Prueba química.mol2
Minimice la energía de la (s) molécula (s) en el archivo test.mol2 tomando como máximo 300 geometrías
pasos de optimización
obminimizar -n 300 prueba.mol2
Minimice la energía de la (s) molécula (s) en el archivo test.mol2 usando el descenso más pronunciado
algoritmo y criterios de convergencia 1e-5:
obminimizar -sd -c 1e-5 test.mol2
Use obminimize en línea usando los servicios de onworks.net
