Estas son las poblaciones de comandos que se pueden ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
poblaciones - software de genética de poblaciones
SINOPSIS
poblaciones
poblaciones [nombre_del_archivo_de_entrada] [opción]
Puedes usar poblaciones como un programa de línea de comando (muy útil para el tratamiento por lotes) para
inferir árboles filogenéticos.
DESCRIPCIÓN
poblaciones es un software de genética de poblaciones. Calcula distancias genéticas entre
poblaciones o individuos. Construye árboles filogenéticos (NJ o UPGMA) con bootstrap
valores.
CARACTERÍSTICAS
· Genotipos haploides, diploides o poliploides (ver formatos de entrada)
· Poblaciones estructuradas (ver archivos de entrada poblaciones estructuradas
· Sin límite de poblaciones, loci, alelos por loci (ver formatos de entrada)
· Distancias entre individuos (15 métodos diferentes)
· Distancias entre poblaciones (15 métodos)
· Bootstraps en loci O individuos
· Árboles filogenéticos (individuos o poblaciones), usando Neighbor Joining o UPGMA
(Formato de árbol PHYLIP)
· Diversidad alélica
· Convierte archivos de datos de Genepop a diferentes formatos (Genepop, Genetix, Msat,
Poblaciones ...)
OPCIONES
-filogenia ind | pop
(predeterminado) para árboles filogenéticos basados en individuos o poblaciones
dist Método
(predeterminado: estándar Nei, Ds) puede elegir entre: DAS, Dm, Ds, Dc, Da, dmu2, Fst, Cp,
Dr, ASD, Dsw, Dr, Dru, Drw, Drl. ver distancias para más detalles.
-construir Método
(predeterminado: upgma) posibilidades upgma o nj (unión de vecinos)
-bootstrap_ind n
número para indicar el número de bootstraps a realizar en individuos
-bootstrap_locus n
número para indicar el número de bootstraps para realizar en loci
.D
-producción nombre_del_archivo_treeview
para indicar el nombre del archivo de árbol (formato de árbol phylip)
-nivel n
número de poblaciones estructuradas permite elegir el factor de estructuración (en el
ejemplo: el nivel de la ciudad es 1, el nivel del edificio es 2 ...).
EJEMPLO
poblaciones toutc2.txt -filogenia Deliciosos -distrito Dm -bootstrap_locus 10000 -producción
toutc2_10000_Dm.tre
Los comandos se pueden escribir en un archivo .bat (para DOS) o un archivo de script (para UNIX)
Utilice las poblaciones en línea utilizando los servicios de onworks.net
