predictprotein - en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

predecirproteína - analizar la secuencia de proteínas

SINOPSIS

predictprotein [--blast-processors] [--num-cpus | c] [--debug | d] [--help] [--make-file | m]
[--makedebug] [--man] [--method] [--dryrun | n] [--numresmax] [--output-dir | o]
[--print-ext-method-map] [--profnumresmin] [--psicexe] [--prot-name | p] [--sequence | seq | s]
[--seqfile] [--spkeyidx] [--target] * [--version | v] [--work-dir | w]

predecirproteína [--bigblastdb] [--big80blastdb] [--pfam2db] [--pfam3db] [--prodomblastdb]
[--prositedat] [--prositeconvdat] [--swissblastdb]

predecirproteína [--setacl | acl] [- combinación de caché] [- force-cache-store]
[- use-cache]

DESCRIPCIÓN

predictprotein ejecuta un conjunto de métodos de análisis de secuencia de proteínas:

Estándar métodos
Estos métodos los ejecuta el destino predeterminado 'todos':

Página del manual de extensión de destino de función
------- ------ --------- --------
movilidad atómica profbval profbval, profb4snap profesional(1)
transmem bacteriano proftmb proftmb, proftmbdat profmb(1)
barriles de brana beta
bobinas en espiral bobinas bobinas bobinas, bobinas_raw envoltura de bobinas(1)
n bobinas(1)
puentes disulfuro disulfinador disulfinador disulfinador(1)
Gene Ontology términos metastudent metastudent.BPO.txt, metaestudiante(1)
metastudent.CCO.txt,
metastudent.MFO.txt
blast de alineación local blastPsiOutTmp, chk, explosiónpgp(1)
explosión psi mat,
explosión psi ali,
explosiónpSwissM8 explosión(1)
complejidad local ncbi-seg segNorm, segNormGCG ncbi-seg(1)
norsp nores secundarios no regulares, suranos norsp(1)
estructura
predicción de localización nuclear nls, nlsDat, nlsSum predicciones(1)
Escaneo pfam hmmer v2 hmm2pfam hmm2pfam hmm2pfam(1)
Escaneo pfam hmmer v3 hmm3pfam hmm3pfam, hmm3pfamTbl, hmm escanear(1)
hmm3pfamDomTbl
PROSITE escanear prosite prosite escaneo_prosito(1)
proteína-proteína profisis isis profísis(1)
sitios de interacción
estructura secundaria, prof profRdb profe(1)
accesibilidad desde
perfil de secuencia
estructura secundaria, prof prof1Rdb profe(1)
accesibilidad desde
secuencia única
estructura secundaria, reprof reprof reprobar(1)
accesibilidad desde
secuencia única
transmembrana phd phdPred, phdRdb profe(1)
hélices
bucles no estructurados norsnet norsnet nornet(1)

Opcional métodos
Estos métodos no son redistribuibles o dependen de software no redistribuible (indicado
por '*'). Debe adquirir los componentes no redistribuibles usted mismo antes de poder
utilice estos métodos.

Estos métodos son ejecutados por el objetivo 'opcional'.

Página del manual de extensión de destino de función
------- ------ --------- --------
regiones desordenadas metadisorden mdisorder meta desorden(1)
loctree3 subcelular {arco, bact, euka} .lc3 loctree3(1)
tmhmm * tmhmm na
proteína-ARN, somena somena alguien(1)
proteína-ADN
sitios de interacción
psic * psic específico de la posición, clustalngz psíquico(1)
recuentos independientes ejecutarNuevoPSIC(1)
y su base multi- racimo(1)
ple alineación
hélices transmembrana tmhmm tmhmm na
tmseg tmseg tmseg(1)
regiones funcionales consurf _consurf.grades consurf(1)

Recursos
Argumento de la línea Cmd de la base de datos
-------- -----------------
gran base de datos de blast (Uniprot + PDB) --bigblastdb
big_80 (big @ 80% de identidad de secuencia --big80blastdb
nivel de redundancia) base de datos de explosión
base de datos swiss blast --swissblastdb
base de datos pfam v2 --pfam2db
base de datos pfam v3 --pfam3db
prosite_convert.dat --prositeconvdat

Recursos para opcional tiene como objetivo

Argumento de la línea Cmd de la base de datos
-------- -----------------
gran base de datos de blast (Uniprot + PDB) --bigblastdb
prosite.dat --prositedat
Swiss-Prot palabra clave para la adhesión --spkeyidx
'índice' para loctree

Generación Recursos
Cortesía de Wiktor Jurkowski:

* rostlab-datos-prosite_convert prosite.dat prosite_convert.dat
* perl /usr/share/loctree/perl/keyindex4loctree.pl <keyindex.txt> keyindex_loctree.txt
* hmmpress Pfam-A.hmm

Salida formato
Los resultados del método se depositan en --salida-dir. Cada método tiene uno o más nombres de archivo
extensiones asociadas con él, consulte la tabla anterior. Consulte la página de manual del
métodos individuales para más detalles. Las extensiones que terminan en `gz 'se comprimen con
gzip(1).

Referencias

Rost, B., Yachdav, G. y Liu, J. (2004). El servidor PredictProtein. Res de ácidos nucleicos,
32 (problema del servidor web), W321-6.

En caso de que encuentre predictprotein y las herramientas dentro de su utilidad, cite:

* las referencias para PredictProtein, ver arriba

* las referencias de las herramientas que utilizó, consulte REFERENCIAS en la página de manual de la herramienta

OPCIONES

--procesadores-blast
Número de procesadores a utilizar, predeterminado = 1

-c, --num-cpus
Hacer trabajos, predeterminado = 1

-d, --depurar
--ayuda
Imprime un breve mensaje de ayuda y sale.

-m, --hacer-archivo
hacer el archivo para usar, predeterminado = /usr/share/predictprotein/MakefilePP.mk

--hacerdebug
debug argumento para hacer, ver “piensen de nuevo sobre los incrementos de precio”(1)

--hombre
Esta página de documentación

--método
Describe los parámetros de control de métodos y solicita que los métodos se ejecuten cuando --objetivo no es
que todas. Ejemplo de formato:

--method = norsp, win = 50

* comienza con el nombre del método, por ejemplo, `norsp '

* enumerar los parámetros de control del método, por ejemplo, win = 50

No todos los métodos admiten el paso de parámetros de control de esta manera debido a su primitiva
interfaces de línea de comandos.

-n, --ejecución en seco
No ejecutar, solo muestra lo que está a punto de ejecutarse

--numresmax
Longitud máxima de secuencia, predeterminada: 6000. Las secuencias más largas que esto harán
predictprotein fail con el código de error respectivo, consulte ERRORES.

-o, --salida-dir
Ubicación final de los archivos de salida, necesaria a menos que se utilice el almacenamiento en caché.

--print-ext-método-mapa
Imprima el mapa de externsion-to-method. Útil como archivo de entrada para verificadores de coherencia.
Formato: .

--profnumresmina
Longitud mínima de secuencia requerida por prof, por defecto: 17. Secuencias más cortas que esta
hará que predprotein falle con el código de error respectivo, consulte ERRORES.

--psicexe
psic contenedor ejecutable, predeterminado: /usr/share/rost-runpsic/runNewPSIC.pl

-p, --prot-nombre
Nombre base de los archivos de resultados y nombre de la proteína en, por ejemplo, archivos FASTA. Predeterminado =
'consulta'.

Los nombres válidos son del juego de caracteres "[[: alnum:] ._-]".

-s, --sec, --secuencia
Entrada de secuencia de aminoácidos de una letra

--archivosecundario
Archivo de secuencia de aminoácidos FASTA; si '-', se lee la entrada estándar

--spkeyidx
Archivo 'índice' de palabra clave a identificador Swiss-Prot para loctree(1).

--objetivo=cadena
Grupos de métodos para ejecutar. Proporcione este argumento para cada objetivo que necesite. Predeterminado: el
valor de 'default_targets' en el archivo de configuración; 'all' si no se da.

Algunos objetivos de interés:

que todas métodos que son GPL o redistribuibles a entidades no comerciales

opcional
métodos que no encajan en que todas

Mire /usr/share/predictprotein/MakefilePP.mk para obtener una lista de objetivos ("Use la fuente
Luke ").

-v, --versión
Versión del paquete de impresión

-w, --trabajo-dir
Directorio de trabajo, opcional

Database opciones
--bigblastdb
Camino a una base de datos completa de explosiones

--big80blastdb
Ruta a una base de datos completa de blast con un nivel de redundancia de identidad de secuencia del 80%

--pfam2db
Base de datos pfam v2, p. Ej. pfam_ls

--pfam3db
Base de datos pfam v3, p. Ej. Pfam-A.hmm

--prodomblastdb
Obsoleto. Este argumento se mantiene solo para mantener la compatibilidad con versiones anteriores.

--prositedat
Ruta al archivo `prosite.dat ', consulte


--prositeconvdat
Ruta al archivo `prosite_convert.dat ', consulte


--swissblastdb
Ruta a la base de datos de explosiones SwissProt

Cache relacionado opciones
--acl, --setacl
Establecer listas de control de acceso. Se establecen listas de control de acceso único en caso de que los resultados sean
almacenado en la caché. De lo contrario, esta opción es ineficaz. Todas las ACL anteriores son
perdido - sin fusión. El bit de lectura controla la navegabilidad de los resultados. Otros bits no son
usó. P.ej

u: lkajan: 4, u: gyachdav: 4, g: lkajan: 4, o :: 0

- caché-fusión
--nocache-fusion
Fusionar / no fusionar resultados en caché. - caché-fusión reutiliza los resultados que ya están en la caché;
esto gira --use-caché encendido automáticamente. - caché-fusión es incompatible con
--forzar-almacén-caché.

--nocache-fusion es el valor predeterminado A MENOS QUE

· --use-caché está encendido y

· --noforce-cache-tienda está en efecto y

· --objetivo se utiliza y

· El caché no está vacío

- caché-fusión se ignora silenciosamente en caso de que la caché esté vacía.

--forzar-almacén-caché
--noforce-cache-tienda
Activar / desactivar forzar el almacenamiento de resultados en caché. Implica --use-caché. Defecto:
--noforce-cache-tienda

Con --noforce-cache-tienda cuando predictprotein encuentra resultados almacenados en caché, simplemente busca
ellos de la caché y no procesa (incluso si los resultados son incompletos). Con
--forzar-almacén-caché predictprotein no obtiene nada de la caché, pero sí
almacenar los resultados, reemplazando completamente lo que estaba en caché.

--forzar-almacén-caché es incompatible con - caché-fusión.

--use-caché
--nouse-caché
Use / no use caché para predecir resultados de proteínas. Defecto: --nouse-caché.

La opción 'use_cache' se puede dar en los archivos de configuración para anular la configuración predeterminada.

ERRORES

253 La secuencia es demasiado larga, mira --numresmax

254 La secuencia es demasiado corta, más corta que la longitud mínima requerida por el prof. Ver
--profnumresmina.

EJEMPLOS

predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --output-dir / tmp / pp

predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --output-dir / tmp / pp --target query.profRdb --target loctree3

predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method = norsp, win = 100 --output-dir / tmp / pp

Cache ejemplos
Almacene los resultados en la caché, no se preocupe por almacenar archivos en --salida-dir:
predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method = norsp, win = 100 --use-cache --setacl g: rostlab: 7

Si no está en la tienda de caché, de lo contrario, obtenga los resultados de la caché en --salida-dir:
predictprotein --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method = norsp, win = 100 --use-cache --setacl g: rostlab: 7 --output-dir / tmp / pp

MEDIO AMBIENTE

PREDICTPROTEINCONF
Ubicación del archivo de configuración de predictproteinrc para usar, anulando otra configuración
archivos

Utilice predictprotein en línea utilizando los servicios de onworks.net