Este es el comando proteinortho5 que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
proteinortho5 - herramienta de detección de ortología
SINOPSIS
proteinorto5 [OPCIONES] RÁPIDO1 RÁPIDO2 [RÁPIDO...]
DESCRIPCIÓN
Proteinortho es una herramienta independiente que está orientada a grandes conjuntos de datos y hace uso de
técnicas de computación distribuida cuando se ejecuta en hardware de varios núcleos. Implementa un
versión extendida de la heurística de mejor alineación recíproca. Proteinortho se aplicó a
calcular proteínas ortólogas en el conjunto completo de los 717 genomas eubacterianos disponibles
en NCBI a principios de 2009. Los autores lograron identificar treinta proteínas presentes en
99% de todos los proteomas bacterianos.
OPCIONES
-e = Valor E para explosión [predeterminado: 1e-05]
-p = programa de explosión {blastn | blastp | blastn + | blastp +} [predeterminado: blastp +]
-proyecto =
prefijo para todos los nombres de archivo de resultados [predeterminado: myproject]
-sinteny
activar la extensión PoFF para separar secuencias similares por adyacencias contextuales
(requiere .gff para cada .fasta)
-dups = PoFF: número de reiteraciones para heurística de adyacencias, para determinar duplicados
regiones (predeterminado: 0)
-cs = PoFF: tamaño de una subcadena común máxima (MCS) para coincidencias de adyacencia (predeterminado: 3)
-alpha =
PoFF: peso de las adyacencias frente a la similitud de secuencia (predeterminado: 0.5)
-desc escribir archivos de descripción (solo para entrada NCBI FASTA)
-guardar almacena los resultados temporales de la voladura para su reutilización
-fuerza fuerza el recálculo de los resultados de la explosión en cualquier caso
-cpus = número de procesadores a utilizar [predeterminado: automático]
-autoblast
aplica selfblast, detecta parálogos sin ortólogos
-individual
reportar genes singleton sin ningún impacto
-identidad =
min. porcentaje de identidad de los mejores golpes explosivos [predeterminado: 25]
-cov = min. cobertura de las mejores alineaciones de voladuras en% [predeterminado: 50]
-conn = min. conectividad algebraica [predeterminado: 0.1]
-sim = min. similitud para hits adicionales (0..1) [predeterminado: 0.95]
-paso = 1 -> generar índices 2 -> ejecutar blast (y ff-adj, si -sinteny está configurado) 3 ->
agrupamiento 0 -> todo (predeterminado)
-blastpath =
ruta a su explosión local (si no está instalado globalmente)
-verboso
te mantiene informado sobre el progreso
-limpiar eliminar todos los archivos innecesarios después del procesamiento
-grafico generar archivos .graph (relaciones de ortología por pares)
-depurar proporciona información detallada para el seguimiento de errores
Se pueden definir parámetros de voladura más específicos mediante
-blastParameters ='[parámetros]' (p. ej. -blastParameters ='-seg no')
En caso de que los trabajos deban distribuirse en varias máquinas, utilice
-startat = Número de archivo con el que empezar (predeterminado: 0)
-stopat = Número de archivo para terminar (predeterminado: -1)
Utilice proteinortho5 en línea utilizando los servicios de onworks.net
