pymvpa2-prep-afni-surf: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

prep_afni_surf - preprocesar superficies FreeSurfer para AFNI / SUMA

DESCRIPCIÓN

uso: pymvpa2-prep-afni-surf [-h] [-v] [-s SID] [-d SURFDIR] [-a ANATVOL]

[-e EPIVOL] [-x EXPVOL] [-E {sí, no}] -r REFDIR
[-p PASOS] [-l LD] [--sobrescribir] [--hemi {l, r, l + r}] [-S {sí, no}] [--aea_opts
AEA_OPTS] [-I] [-A {sí, no}] [-f {gifti, ascii}] [-T] [-t]

Preprocesamiento anatómico para alinear superficies FreeSurfer con datos AFNI.

Proporciona funcionalidad para:

- convertir superficies FreeSurfer a formato AFNI / SUMA (usando SUMA_Make_Spec_FS).

- remuestrear superficies a la topología estándar (usando MapIcosahedron) en varias resoluciones.

- generar superficies adicionales promediando las existentes.

- coregistro de la salida de freesurfer al volumen anatómico o funcional AFNI / SUMA (utilizando
align_epi_anat.py).

- ejecute @AddEdge para visualizar el registro conjunto.

- fusionar los hemisferios izquierdo (lh) y derecho (rh) en archivos individuales (mh).

- generar varias vistas de superficies infladas izquierda + derecha.

- generar archivos de especificación SUMA y scripts de shell see_suma *.

Este script asume una canalización de procesamiento con FreeSurfer para la reconstrucción de superficies y
AFNI / SUMA para coregistro y visualización. Específicamente se supone que las superficies
han sido reconstruidos usando recon-all de FreeSurfer. Se pueden encontrar más detalles en el
documentación disponible en http://surfing.sourceforge.net

Si los EPI de varias sesiones están alineados, este script debe usar directorios diferentes
for refdir para cada sesión, de lo contrario pueden producirse conflictos de nombres.

Esta función no vuelve a muestrear ni transforma ningún dato funcional. En cambio, las superficies son
transformado para estar alineado con ANATVOL o EPIVOL.

Para un uso típico, requiere tres argumentos: (1) "-e epi_filename" o "-a
nombre_archivo_anat "(2)" -d surfista libre / directorio / surf "(3)" -r dir_salida "'(*)" -T "[si
"epi_filename" / "anat_filename" está en el espacio de la plantilla (MNI / Tal) "

Notas:

- Verifique la alineación visualmente.

- Se admiten archivos Nifti (.nii o .nii.gz), pero es posible que AFNI no pueda leer
{S, Q} -forma la información correctamente. Si los datos funcionales fueron preprocesados ​​con un programa, otro
que AFNI, verifique la alineación visualmente con otro programa que AFNI, como
resonancia magnética.

DERECHOS DE AUTOR

Derechos de autor 2010-2012 Nikolaas N. Oosterhof[email protected]>

opcional argumentos:
-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir

-v, --versión
mostrar el número de versión del programa y salir

-s SID, --sid SID
ID de sujeto utilizado en @SUMA_Make_Spec_FS

-d SUPERFICIE, --surfdir SURFDIR
FreeSurfer surf / directorio

-a anatvol, --anatvol anatvol
Anatómico que se supone que está alineado con los datos de interés del EPI

-e EPIVOL, --epivol EPIVOL
Datos EPI de interés

-x EXPVOL, --expvol EXPLORAR
Volumen experimental al que se alinea SurfVol

-E {sí No}, --isepi {sí No}
¿El volumen experimental es un EPI (sí) o anatómico (no)?

-r REFDIR, -o REFDIR, --refdir REFDIR
Directorio de salida en el que los volúmenes y superficies hacen referencia a ANATVOL o
EPIVOL

-p PASOS, --pasos PASOS
Pasos de procesamiento separados por "+" - caracteres. "todos" es el valor predeterminado y equivalente
toafni + mapico + moresurfs + skullstrip + align + makespec + makespecboth + makesurfmasks "

-l LD, --ld LD
MapIcosahedron dispositivos lineales, por ejemplo, 80 o 16 + 96 (para ambos 16 o 96). El valor por defecto
is 4+8+16+32+64+128

--Sobrescribir
sobrescribir archivos existentes

--hemi {l, r, l + r}
Hemisferios para procesar ([l + r])

-S {sí No}, --expvol_ss {sí No}
Volumen experimental de la tira del cráneo ([sí], no)

--aea_opts AEA_OPTS
Opciones dadas a align_epi_anat ([-cmass cmass + xyz -movimiento_grande])

-I, --identidad
Utilice la transformación de identidad entre SurfVol y anat / epivol (sin alineación)

-A {sí No}, - AddEdge {sí No}
Ejecute AddEdge en volúmenes alineados ([sí])

-f {gifti, ascii}, --formato de surf {gifti, ascii}
Formato de salida de superficies: 'ascii' (predeterminado - por ahora) o 'gifti'

-T, --plantilla
Indique que el volumen experimental (proporcionado por '-e', '-a' o '-x') está en
espacio de plantilla. Esto agregará "-Allineate_opts '-maxrot 10 -maxshf 10 -maxscl 1.5 '"
a --aea_opts

-t, --nota de plantilla
Indique que el volumen experimental (proporcionado por '-e', '-a' o '-x') no está en
espacio de plantilla.

Esta función es * experimental *; utilizando el --Sobrescribir La opción puede eliminar y / o sobrescribir
archivos existentes.

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