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pynast - Online en la nube

Ejecute pynast en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks sobre Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS

Este es el comando pynast que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.

PROGRAMA:

NOMBRE


PyNAST: alineación de secuencias cortas de ADN

SINOPSIS


pinasta [opciones] {-I entrada_fp -t plantilla_fp}

DESCRIPCIÓN


[] indica entrada opcional (orden sin importancia) {} indica entrada requerida (orden
sin importancia)

Ejemplo uso:
pinasta -i mi_entrada.fasta -t mi_plantilla.fasta

OPCIONES


--versión
mostrar el número de versión del programa y salir

-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir

-t PLANTILLA_FP, --template_fp=PLANTILLA_FP
ruta al archivo de alineación de la plantilla [OBLIGATORIO]

-i ENTRADA_FP, --entrada_fp=ENTRADA_FP
ruta para ingresar el archivo fasta [OBLIGATORIO]

-v, --verboso
Estado de impresión y otra información durante la ejecución [predeterminado: falso]

-p MIN_PCT_ID, --min_pct_id=MIN_PCT_ID
porcentaje mínimo de identidad de secuencia para considerar una secuencia como una coincidencia [predeterminado: 75.0]

-l MIN_LEN, --min_len=MIN_LEN
longitud de secuencia mínima para incluir en la alineación NAST [predeterminado: 1000]

-m PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD, --pairwise_alignment_method=PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD
método para realizar la alineación por pares [predeterminado: uclust]

-a FASTA_OUT_FP, --fasta_out_fp=FASTA_OUT_FP
ruta para almacenar el archivo de alineación resultante [predeterminado: derivado de la ruta del archivo de entrada]

-g LOG_FP, --log_fp=LOG_FP
ruta para almacenar el archivo de registro [predeterminado: derivado de la ruta del archivo de entrada]

-f FALLO_FP, --failure_fp=FALLO_FP
ruta para almacenar el archivo de las secuencias que no se alinean [predeterminado: derivado de la entrada
ruta de archivo]

-e MAX_E_VALUE, --max_e_valor=MAX_E_VALUE
Depreciado. Se eliminará en PyNAST 1.2

-d BLAST_DB, --blast_db=BLAST_DB
Depreciado. Se eliminará en PyNAST 1.2

Use pynast en línea usando los servicios de onworks.net


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