Este es el comando score_conservation que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
score_conservation - puntuación de conservación de la secuencia de proteínas
SINOPSIS
score_conservation [opciones] ALIGNFILE
DESCRIPCIÓN
Puntuación de conservación de la secuencia de proteínas en ALINEAR ARCHIVO. ALINEAR ARCHIVO debe estar en FASTA, CLUSTAL o
Formato de Estocolmo.
Se implementan los siguientes métodos de puntuación de conservación:
* suma de pares
* suma ponderada de pares
* Entropía de Shannon
* Entropía de Shannon con agrupaciones de propiedades (Mirny y Shakhnovich 1995,
Valdar y Thornton 2001)
* entropía relativa con agrupaciones de propiedades (Williamson 1995)
* entropía de von Neumann (Caffrey et al 2004)
* entropía relativa (Samudrala y Wang 2006)
* Divergencia Jensen-Shannon (Capra y Singh 2007)
Una extensión basada en ventana que incorpora la conservación estimada de secuencialmente
También se dan los residuos adyacentes en la puntuación de cada columna. Este enfoque de ventana puede
aplicarse a cualquiera de los métodos de puntuación de conservación.
Con parámetros predeterminados puntuación_conservación(1) calcula las puntuaciones de conservación para el
alineación utilizando la divergencia Jensen-Shannon y una ventana -w of 3.
La salida específica de la secuencia se puede utilizar como entrada de conservación para concavidad(1).
La conservación es altamente predictiva en la identificación de sitios catalíticos y residuos cercanos al límite.
ligandos.
Referencias
Capra JA y Singh M. Predicción de residuos funcionalmente importantes de la secuencia
conservación. Bioinformática, 23(15): 1875-82, 2007.
OPCIONES
-un nombre]
Secuencia de referencia. Imprime puntuaciones en referencia a la secuencia nombrada (ignorando los espacios).
Por defecto imprime toda la columna.
-b [0-1]
Lambda para combinación lineal heurística de ventana. Predeterminado =.5.
Ecuación:
"puntuación = (1 - lambda) * average_score_over_window_around_middle + lambda *
score_of_middle "
-d [ARCHIVO]
Archivo de distribución de fondo, p. Ej. distribuciones / swissprot.distribution.
Predeterminado = BLOSUM62 incorporado.
-g [0-1)]
Corte de brecha. No califique columnas que contengan más que espacios de fracciones de corte de brecha.
Predeterminado =.3.
-h Imprimir ayuda.
-l [verdadero | falso]
Utilice la ponderación de secuencia. Predeterminado =su verdadero.
-m [ARCHIVO]
Archivo de matriz de similitud, p. Ej. matrix / blosum62.bla o .qij. Predeterminado =matrix / blosum62.bla.
Algunos métodos, p. Ej. js_divergencia, no use esto.
-n [verdadero | falso]
Normalizar puntuaciones. Imprima la puntuación z (sobre la alineación) de la puntuación bruta de cada columna.
Predeterminado =false.
-o ARCHIVO
Archivo de salida. Predeterminado: flujo de salida estándar.
-p [verdadero | falso]
Utilice la penalización por hueco. Disminuya la puntuación de las columnas que contienen espacios, proporcionalmente a la
peso de la suma de las secuencias con huecos. Predeterminado =su verdadero.
-s [MÉTODO]
Método de estimación de conservación, uno de shannon_entropía propiedad_entropía
propiedad_relativa_entropía vn_entropía relativa_entropía js_divergencia suma_de_pares.
Predeterminado =js_divergencia.
-w [0-INT]
Tamaño de ventana. Número de residuos a ambos lados incluidos en la ventana. Predeterminado =3.
EJEMPLOS
Nota: es posible que deba copiar y descomprimir los archivos de datos de ejemplo antes de ejecutar el
siguientes ejemplos.
Calcule las puntuaciones de conservación para la alineación utilizando la divergencia de Jensen-Shannon con
configuración predeterminada e imprima las puntuaciones:
puntuación_conservación /usr/share/doc/conservation-code/examples/2plc__hssp-filtered.aln
Califique una alineación usando la divergencia Jensen-Shannon, una ventana de tamaño 3 (a cada lado de
el residuo) y la distribución de fondo de swissprot:
puntuación_conservación -s js_divergencia -w 3 -d \
/usr/share/conservation-code/distributions/swissprot.distribution \
/usr/share/doc/conservation-code/examples/2plc__hssp-filtered.aln
Use score_conservation en línea usando los servicios de onworks.net
