Esta es la guadaña de comando que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
guadaña - Recortador adaptador bayesiano
SINOPSIS
guadaña -t sanger -a /ruta/a/adaptors.fasta [opciones]
Elimine los contaminantes del adaptador del extremo de 3´ de los archivos de secuencia. Si no se especifica ningún archivo de salida,
scythe utilizará stdout.
OPCIONES
-p, --prior prior (predeterminado: 0.300)
-q, --quality-type tipo de calidad, illumina, solexa o sanger (predeterminado: sanger)
-m, --matches-file coincide con el archivo (predeterminado: sin salida)
-o, - archivo de salida archivo de secuencias recortadas de salida (predeterminado: stdout)
-t, --tag agrega una etiqueta al encabezado que indica que Scythe cortó una secuencia (predeterminado: desactivado)
-n, --min-coincide con el contaminante más pequeño a considerar (predeterminado: 5)
-M, --min-mantener secuencias de filtro menores o iguales a esta longitud (predeterminado: 35)
--quiet no genera estadísticas sobre el recorte a la salida estándar (predeterminado: desactivado)
: ayuda a mostrar esta ayuda y salir
--version información de la versión de salida y salida
Estos son los esquemas de codificación de calidad que reconoce scythe (ver "calidad")
phred puntuaciones de calidad PHRED (por ejemplo, de Roche 454). ASCII sin
desplazamiento, rango: [4, 60].
sanger Sanger son cualidades PHRED ASCII con un desplazamiento de 33,
rango: [0, 93]. De NCBI SRA o Illumina pipeline 1.8+.
solexa Solexa (también muy temprano Illumina - pipeline <1.3).
Desplazamiento ASCII de 64, rango: [-5, 62]. Usa un diferente
conversión de calidad a probabilidades que otros esquemas.
illumina Salida de Illumina de las versiones de tubería entre 1.3 y 1.7.
Desplazamiento ASCII de 64, rango: [0, 62]
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