Este es el comando sfetch que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
sfetch: obtiene una secuencia de una base de datos de archivos planos.
SINOPSIS
apuntar [opciones] nombre secundario
DESCRIPCIÓN
apuntar recupera la secuencia nombrada nombre secundario de una base de datos de secuencias.
La base de datos que se utiliza está controlada por el -d y -D opciones, o "pequeñas bases de datos" y
"grandes bases de datos". La ubicación del directorio de "grandes bases de datos" se puede especificar mediante
variables de entorno, como $ SWDIR para Swissprot y $ GBDIR para Genbank (consulte -D para
lista completa). Se debe especificar una ruta de archivo completa para las "bases de datos pequeñas". Por
predeterminado, si no se especifica ninguna opción y el nombre parece un identificador Swissprot
(por ejemplo, tiene un carácter _), la variable de entorno $ SWDIR se utiliza para intentar
recuperar la secuencia nombre secundario de Swissprot.
Hay una variedad de otras opciones disponibles que permiten la recuperación de subsecuencias (-pie);
recuperación por número de acceso en lugar de por nombre (-a); reformatear la secuencia extraída
en una variedad de otros formatos (-F); etc
Si la base de datos ha sido indexada por SSI, la recuperación de secuencias será extremadamente eficiente;
De lo contrario, la recuperación puede ser dolorosamente lenta (es posible que toda la base de datos deba leerse en la memoria
para encontrar nombre secundario). Se recomienda la indexación SSI para todas las bases de datos grandes o permanentes. los
programa índice crea índices SSI para cualquier archivo de secuencia.
apuntar fue originalmente nombrado obtenerseq, y se le cambió el nombre porque chocaba con un programa de GCG
del mismo nombre.
OPCIONES
-a Interpretar nombre secundario como número de acceso, no como identificador.
-d
Recupere la secuencia de un archivo de secuencia llamado . Si un índice GSI
.gsi existe, se utiliza para acelerar la recuperación.
-f
Extraer una subsecuencia a partir de la posición , en lugar de 1. Ver t.
If es mayor que (según lo especificado por el -t opción), luego la secuencia
se extrae como su complemento inverso (se supone que es una secuencia de ácido nucleico).
-h Imprimir ayuda breve; incluye el número de versión y un resumen de todas las opciones, incluyendo
opciones de expertos.
-o
Dirija la salida a un archivo llamado . De forma predeterminada, la salida iría a
salida estándar.
-r
Cambiar el nombre de la secuencia en la salida después de la extracción. Por defecto, el
Se conservaría el identificador de secuencia original. Útil, por ejemplo, si recupera
un fragmento de secuencia; las coordenadas del fragmento podrían agregarse al nombre
(esto es lo que hace Pfam).
-t
Extrae una subsecuencia que termina en la posición , en lugar de al final del
secuencia. Ver -F. If es menor que (según lo especificado por el -f opción),
entonces la secuencia se extrae como su complemento inverso (se supone que es
secuencia de ácido nucleico)
-D
Recuperar la secuencia de la base de datos de secuencias principal codificada . Para los ensayos clínicos de CRISPR, cada una
código, there is an entorno empresarial variable que especifica la ruta del directorio a ese
base de datos. Los códigos reconocidos y sus correspondientes variables de entorno son -Dsw
(Swissprot, $ SWDIR); -Dpir (PIR, $ PIRDIR); -Dem (EMBL, $ EMBLDIR); -Dgb (Genbank,
$ GBDIR); -Dwp (Wormpep, $ WORMDIR); y -Dowl (BÚHO, $ OWLDIR). Se lee cada base de datos
en su formato nativo de archivo plano.
-F
Vuelva a formatear la secuencia extraída en un formato diferente. (Por defecto, la secuencia
se extrae de la base de datos en el mismo formato que la base de datos.) Disponible
los formatos son emblema, rápido, banco de gen, gcg, strider Zuker, yo G, piro, calamar, y crudo.
EXPERT OPCIONES
--informato
Especifique que el archivo de secuencia está en formato , en lugar del FASTA predeterminado
formato. Los ejemplos comunes incluyen Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
o PHYLIP; consulte la documentación impresa para obtener una lista completa de los formatos aceptados
nombres. Esta opción anula el formato predeterminado (FASTA) y el -B pez babel
opción de autodetección.
Utilice sfetch en línea utilizando los servicios de onworks.net
