sortmerna - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

sortmerna - herramienta para filtrar, mapear y seleccionar lecturas NGS de selección de OTU

SINOPSIS

sortmerna --árbitro db.fasta, db.idx - lecturas archivo.fa --alineado base_name_output [OPCIONES]

DESCRIPCIÓN

SortMeRNA es una herramienta de análisis de secuencia biológica para filtrado, mapeo y selección de OTU
NGS lee. El algoritmo central se basa en semillas aproximadas y permite una rápida y
análisis sensibles de secuencias de nucleótidos. La principal aplicación de SortMeRNA es el filtrado
ARNr de datos metatranscriptómicos. Las aplicaciones adicionales incluyen recogida de OTU y
asignación de taxonomía disponible a través de QIIME v1.9 + (http://qiime.org -v1.9.0-rc1).

SortMeRNA toma como entrada un archivo de lecturas (formato fasta o fastq) y uno o varios rRNA
archivo (s) de base de datos, y clasifica el ARNr y las lecturas rechazadas en dos archivos especificados por el
usuario. Opcionalmente, puede proporcionar alineaciones locales de alta calidad de lecturas de ARNr contra el
Base de datos de ARNr. SortMeRNA funciona con datos de Illumina, 454, Ion Torrent y PacBio, y puede
producen alineaciones tipo SAM y BLAST.

OPCIONES

OBLIGATORIO OPCIONES
--árbitro STRING, STRING
Archivo de referencia FASTA, archivo de índice
Ejemplo:
--árbitro /ruta/al/archivo1.fasta,/ruta/al/índice1
Si pasa varios archivos de secuencia de referencia, sepárelos con ':'
Ejemplo:
--árbitro /ruta/f1.fasta,/ruta/índice1:/ruta/f2.fasta,ruta/índice2

- lecturas CADENA
Archivo de lecturas FASTA / FASTQ

--alineado CADENA
ruta de archivo de lecturas alineadas + nombre de archivo base (se agregará la extensión apropiada)

COMÚN OPCIONES
--otro CADENA
ruta de archivo de lecturas rechazadas + nombre de archivo base (se agregará la extensión apropiada)

--rápidox BOOL
salida FASTA / FASTQ fil (predeterminado: desactivado, para lecturas alineadas y / o rechazadas)

--sam BOOL
alineación SAM de salida (predeterminado: desactivado, solo para lecturas alineadas)

--SQ BOOL
agregar etiquetas SQ al archivo SAM (predeterminado: desactivado)

--explosión INT
alineaciones de salida en varios formatos similares a Blast
0 - por parejas
1 - tabular (Explosión -m Formato 8)
2 - tabular + columna para CIGAR
3 - tabular + columnas para CIGAR y cobertura de consultas

--Iniciar sesión BOOL
estadística general de salida (predeterminado: desactivado)

--num_alineaciones INT
reportar las primeras alineaciones INT por lectura que alcanzan el valor E (predeterminado: -1,
--num_alineaciones 0 significa que se emitirán todas las alineaciones)

or (Por defecto)

--mejor INT
reportar las mejores alineaciones INT por lectura que alcanzan el valor E (predeterminado: 1) mediante la búsqueda
--min_lis INT alineaciones candidatas--mejor 0 significa todas las alineaciones candidatas
será buscado)

--min_lis INT
buscar todas las alineaciones que tengan el primer LIS INT más largo (predeterminado: 2) LIS significa
La subsecuencia creciente más larga, se calcula utilizando las posiciones de las semillas para expandir
hits en partidos más largos antes de la alineación Smith-Waterman.

--print_all_reads
generar cadenas de alineación nula para lecturas no alineadas (predeterminado: apagado) a SAM y / o
Archivos tabulares BLAST

--emparejado_en BOOL
ambas lecturas del extremo emparejado entran --alineado archivo fasta / q (predeterminado: desactivado, lecturas intercaladas
solo, consulte la Sección 4.2.4 del Manual del usuario)

--paired_out BOOL
ambas lecturas del extremo emparejado entran --otro archivo fasta / q (predeterminado: desactivado, lecturas intercaladas
solo, consulte la Sección 4.2.4 del Manual del usuario)

--fósforo INT
Puntuación SW (entero positivo) para una coincidencia (predeterminado: 2)

--discordancia INT
Penalización de SW (entero negativo) por una falta de coincidencia (predeterminado: -3)

--brecha_abierta INT
Penalización de SW (entero positivo) por introducir un espacio (predeterminado: 5)

--gap_ext INT
Penalización de SW (entero positivo) por extender un espacio (predeterminado: 2)

-N INT Penalización de SW para letras ambiguas (N) (predeterminado: puntuado como --discordancia)

-F BOOL
buscar solo el hilo de avance (predeterminado: desactivado)

-R BOOL
buscar solo la hebra complementaria inversa (predeterminado: desactivado)

-a INT número de subprocesos a utilizar (predeterminado: 1)

-e DOBLE
Umbral de valor E (predeterminado: 1)

-m INT INT Mbytes para cargar las lecturas en la memoria (predeterminado: 1024, máximo -m INT es
5872).

-v BOOL
detallado (predeterminado: desactivado)

OTU COSECHA OPCIONES
--identificación DOBLE
umbral de similitud de% id (la alineación aún debe superar el umbral de valor E,
predeterminado: 0.97)

--cobertura DOBLE
% umbral de cobertura de consulta (la alineación debe superar el umbral del valor E,
predeterminado: 0.97)

--de_novo_otu BOOL
Archivo FASTA / FASTQ para lecturas coincidentes de la base de datos <% id
(establecer usando --identificación) y <% cov (configurar usando --cobertura)
(la alineación aún debe superar el umbral del valor E, predeterminado: desactivado)

--otu_map BOOL
mapa de salida OTU (entrada a make_otu_table.py de QIIME, predeterminado: desactivado)

ADVANCED OPCIONES
consulte el manual del usuario de SortMeRNA para obtener más detalles

- pasa INT
tres intervalos en los que colocar la semilla en la lectura (L es la longitud de la semilla establecida en
indexdb_rna(1), predeterminado: L, L / 2,3)

- bordes INT
número (o porcentaje si INT seguido por el signo%) de nucleótidos para agregar a cada borde de
la lectura antes de la alineación local SW (por defecto: 4)

--num_semillas INT
número de semillas coincidentes antes de buscar LIS candidato (predeterminado: 2)

--búsqueda completa BOOL
buscar todas las coincidencias de semilla de error 0 y error 1 en el índice en lugar de detenerse
después de encontrar una coincidencia de error 0 (<1% de ganancia en la sensibilidad con una disminución de cuatro veces
en velocidad, predeterminado: desactivado)

--pid BOOL
agregar pid a los nombres de los archivos de salida (predeterminado: desactivado)

-h BOOL
ayuda

--versión BOOL
Número de versión de SortMeRNA

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