Este es el comando estelar que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
estelar: el alineador local exacto rápido
SINOPSIS
estelar [OPCIONES]
DESCRIPCIÓN
STELLAR implementa el algoritmo de filtro SWIFT (Rasmussen et al., 2006) y un
paso de verificación para los hits de SWIFT que aplica alineación local, X-drop con huecos
extensión y extracción de la coincidencia épsilon más larga.
La entrada a STELLAR son dos archivos, cada uno con una o más secuencias en FASTA
formato. Cada secuencia del archivo 1 se comparará con cada secuencia del archivo 2. La
las secuencias del archivo 1 se utilizan como base de datos, las secuencias del archivo 2 como consultas.
(c) 2010-2012 por Birte Kehr
-h, --ayuda
Muestra este mensaje de ayuda.
--versión
Muestra información de la versión
Opciones principales:
-e, --épsilon NUM
Tasa de error máxima (máx. 0.25). En rango [0.0000001..0.25]. Predeterminado: 0.05.
-l, --longitud mínima NUM
Longitud mínima de partidos épsilon. En rango [0..inf]. Predeterminado: 100.
-f, --hacia adelante
Buscar solo en la cadena de avance de la base de datos.
-r, --contrarrestar
Buscar solo en el complemento inverso de la base de datos.
-a, --alfabeto STR
Tipo alfabético de secuencias de entrada (adn, rna, dna5, rna5, proteína, char). Uno de adn
adn5, rna, rna5, proteína y char.
-v, --verboso
Establecer el modo de verbosidad.
Opciones de filtrado:
-k, --kmer NUM
Longitud de los q-gramos (máximo 32). En rango [1..32].
-rp, --repetirPeríodo NUM
Periodo máximo de repeticiones de baja complejidad a filtrar. Predeterminado: 1.
-rl, --repetirLongitud NUM
Longitud mínima de repeticiones de baja complejidad para filtrar. Predeterminado: 1000.
-c, --abundanciaCorte NUM
Relación de corte de sobreabundancia de k-mer. En rango [0..1]. Predeterminado: 1.
Opciones de verificación:
-x, --xDrop NUM
X-drop máximo para la extensión. Predeterminado: 5.
-vs, --verificación STR
Estrategia de verificación: exacta o mejor Local o con bandas Global Una de las mejores, exacta, local,
y bandedGlobal. Predeterminado: exacto.
-dt, --disableThresh NUM
Número máximo de coincidencias verificadas antes de deshabilitar la verificación para una consulta
secuencia (infinito predeterminado). En rango [0..inf].
-n, --numCoincidencias NUM
Número máximo de coincidencias guardadas por consulta y base de datos. Si STELLAR encuentra más
partidos, solo se conservan los más largos. Predeterminado: 50.
-s, --ordenarUmbral NUM
Número de coincidencias que provocan la eliminación de duplicados. Elija un valor menor para
Ahorro de espacio. Predeterminado: 500.
Opciones de salida:
-o, --fuera ARCHIVO
Nombre del archivo de salida. Los tipos de archivo válidos son: gff y txt. Predeterminado: stellar.gff.
-sobredosis, --outDisabled ARCHIVO
Nombre del archivo de salida para secuencias de consulta deshabilitadas. Los tipos de archivo válidos son: fa y
FASTA. Predeterminado: stellar.disabled.fasta.
Referencias
Kehr, B., Weese, D., Reinert, K .: STELLAR: alineaciones locales rápidas y exactas. BMC
Bioinformática, 12 (Suppl 9): S15, 2011.
VERSION
versión estelar: 1.3 Última actualización Octubre de 2012
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