Este es el comando tbl2asn que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
tbl2asn: prepare una presentación de GenBank utilizando una tabla de características ASCII
SINOPSIS
tbl2asn [-] [-A str] [-C str] [-D nombre de archivo] [-E] [-F str] [-G str] [-H str] [-J] [-K] [-L]
[-M str] [-N n] [-O] [-P] [-Q str] [-R] [-S] [-T] [-U] [-V str] [-W] [-X str]
[-Y nombre de archivo] [-Z nombre de archivo] [-a str] [-b] [-c str] [-f nombre de archivo] [-g] [-h] [-i nombre de archivo]
[-j str] [-k str] [-n str] [-o nombre de archivo] [-p str] [-q] [-r str] [-s] [-t nombre de archivo] [-u]
[-v] [-w nombre de archivo] [-x str] [-y str] [-z]
DESCRIPCIÓN
tbl2asn lee una plantilla junto con archivos de secuencia y tabla, y genera ASN.1 para
presentación a GenBank. Por lo tanto, el remitente no necesita leer cada conjunto de tablas y
secuencia de archivos en Sequin. Además, el archivo de plantilla puede contener el organismo y
información del remitente común a todos los registros, obviando la necesidad de ingresar estos datos para
cada par secuencia / tabla.
OPCIONES
Un resumen de las opciones se incluye a continuación.
- Mensaje de uso de impresión
-a str Adhesión
-C str Etiqueta del centro del genoma
-D nombre de archivo
Archivo de descriptores
-E Recuento
-F Vínculos de ID de función (o por superposición, p por producto)
-G str Banderas de separación de alineación (campos separados por comas, por ejemplo, pag,-,-,-,?,. ) n Nucleótido o p
Proteína, caracteres iniciales, intermedios, finales, caracteres que faltan, caracteres coincidentes
Caracteres de alineación media Gap
-H str Mantener hasta la publicación:
y Por un año
mm/dd/yyy
Hasta la fecha especificada
-J Conjunto de productos genómicos retardados
-K Conjunto Safe Bioseq
-L Force Local protein_id / transcript_id
-M str Banderas del genoma maestro:
nNormal
b Gran secuencia
p Opción de energía
TSA
-N n Número de versión del proyecto
-O Permitir ORF de ejecución
-P Búsqueda de publicación remota
-Q política de título de ARNm
s Títulos especiales de ARNm
r Títulos de ARNm de RefSeq
-R Registro de secuencia remota obteniendo desde ID
-S Anotación de funciones inteligentes
-T Búsqueda de taxonomía remota
-U Eliminar el gen xref innecesario
-V str Verificación (combine cualquiera de las siguientes letras)
v Validar con rigurosidad normal
r Validar sin verificación de país
c Validación de código de barras
b Generar archivos planos de GenBank
g Generar informe de generación
t Validar con verificación TSA
-W Progreso del registro
-X str Banderas adicionales (combine cualquiera de las siguientes letras)
Una generación automática de líneas de definición
C Aplicar comentarios en .cmt archivos a todas las secuencias
E Tratar como Eukarypota en el informe de discrepancias
-Y nombre de archivo
Leer una cadena de comentarios de nombre de archivo
-Z nombre de archivo
Escriba un informe de discrepancias a nombre de archivo
-a str Tipo de archivo:
a Cualquiera (predeterminado)
r20u Las corridas de más de 20 N son espacios, 100 N son de longitud desconocida
r20k Las corridas de más de 20 N son espacios, 100 N son longitudes conocidas
r10u Las corridas de más de 10 N son espacios, 100 N son de longitud desconocida
r10k Las corridas de más de 10 N son espacios, 100 N son longitudes conocidas
s Conjunto FASTA (s Lote, s1 Música pop, s2 Phy, s3 Mut, s4 ecológico, s9 Pequeño genoma)
d FASTA Delta
di FASTA Delta con brechas implícitas
l Alineación de huecos FASTA + (l Lote, l1 Música pop, l2 Phy, l3 Mut, l4 ecológico, l9 Pequeña-
genoma)
z FASTA con líneas de separación
e PHRAP / ACE -
b ASN.1 (junto con M
)
-b Generar archivo GenBank (obsoleto a favor de -V b)
-c str Limpieza (combine cualquiera de las siguientes letras)
d Fechas de recolección correctas (suponga que el mes es el primero)
D Fechas correctas de recolección (suponga que el día es el primero)
b Agregue una nota a las regiones de codificación que se superponen a otras regiones de codificación con similares
nombres de productos y no contienen 'ABC'
x Extienda los extremos parciales de las características en uno o dos nucleótidos para colindar espacios o
termina la secuencia
s Agregar una excepción a los intrones cortos
f Corregir nombres de productos
-f nombre de archivo
Archivo de tabla única
-g La entrada es un conjunto de productos genómicos
-h Convertir ID general en nota
-i nombre de archivo
Archivo de entrada única
-j str Calificadores de origen
-k str Banderas CDS (combine cualquiera de las siguientes letras)
c Anotar el ORF más largo
r Permitir ORF de Runon
m Permitir inicios alternativos
k Establecer conflicto en discrepancia
-n str Nombre del organismo
-o nombre de archivo
Archivo de salida único
-p str Ruta a los archivos
-q Establecer ID de secuencia desde el nombre del archivo de entrada
-r str Ruta de resultados
-s Leer los FASTA como se establecieron
-t nombre de archivo
Leer plantilla de nombre de archivo
-u Convierta GenProdSet a NucProtSet
-v Validar (en desuso a favor de -V v)
-w nombre de archivo
Archivo de comentario estructurado único
-x str Sufijo (predeterminado = .fsa)
-y str
-z Limpiar archivo de registro Comentario
Use tbl2asn en línea usando los servicios de onworks.net
