Este es el comando TransDecoder.Predict que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
Transdecoder: predicción de proteínas del transcriptoma
USO
Necesario:
-t transcripciones.fasta
Opciones comunes:
--retain_long_orfs retener todos los ORF encontrados que son iguales o más largos que estos muchos nucleótidos, incluso si no hay otra evidencia
lo marca como codificación (predeterminado: 900 bp => 300aa)
--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm para buscar
usando hmmscan (que debería ser accesible a través de su configuración PATH)
--retain_blastp_hits
Opciones avanzadas
--tren Archivo FASTA con ORF para entrenar a Markov Mod para la identificación de proteínas; de lo contrario
los ORF no redundantes más largos utilizados
-T Si no hay tren, los ORF más largos para entrenar el modelo de Markov (estadísticas de hexámeros) (predeterminado: 500)
2015-12-28 TRANSDECODIFICADOR.PREDICCIÓN(1)
Use TransDecoder.Predict en línea usando los servicios de onworks.net
