Este es el comando WigeoN que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
wigeon - reimplementación de la utilidad de detección de anomalías de ADN Pintail 16S
DESCRIPCIÓN
WigeoN examina la conservación de la secuencia entre una consulta y una referencia confiable
secuencia, ambos en formato de alineación NAST. Basado en la identidad de secuencia entre la consulta
y la secuencia de referencia, existe una cantidad esperada de variación entre la alineación.
Si la variación observada es mayor que el cuantil del 95% de la distribución de
variación observada entre secuencias no anómalas, entonces se marca como una anomalía.
WigeoN es una reimplementación flexible basada en la línea de comandos del algoritmo Pintail Appl
Environ Microbiol. Diciembre de 2005; 7112: 7724-36.
WigeoN es útil para marcar quimeras y anomalías solo en ARNr 16S de longitud casi completa
secuencias. WigeoN carece de sensibilidad con secuencias de menos de 1000 pb.
Para ejecutar WigeoN, necesita secuencias con formato NAST generadas por la utilidad nast-ier.
WigeoN es parte de la suite microbiomeutil.
CAMPUS
Necesario:
--query_NAST
archivo multi-fasta que contiene secuencias de consulta en formato de alineación
Opcional:
--db_NAST
db en formato NAST
--db_FASTA
db en formato fasta (formato megablast)
--num_top_hits
predeterminado 1: utiliza solo la mejor coincidencia.
--trama
--DEPURAR
--exec_dir
cd a exec_dir antes de ejecutar
Utilice WigeoN en línea utilizando los servicios de onworks.net
