xml2dsr: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

xml2dsr: convierte el archivo DICOM SR y el conjunto de datos a XML

SINOPSIS

xml2dsr [opciones] xmlfile-in dsrfile-out

DESCRIPCIÓN

La xml2dsr La utilidad convierte el contenido de un documento XML (Lenguaje de marcado extensible)
al formato DICOM Structured Reporting (SR) (formato de archivo o conjunto de datos sin procesar). El esquema XML
dsr2xml.xsd aún no sigue ningún formato estándar. sin embargo, el xml2dsr solicitud en línea.
podría mejorarse en este aspecto en el futuro (por ejemplo, apoyando HL7 / CDA - Clinical
Arquitectura documental).

Se puede crear un archivo XML apropiado usando el dsr2xml herramienta (opción + Xn recomendado a
agregue la declaración de espacio de nombres XML al elemento raíz).

PARÁMETROS

xmlfile-in XML nombre de archivo de entrada que se va a convertir (stdin: "-")

dsrfile-out nombre de archivo de salida DICOM SR

CAMPUS

general opciones
-h --ayuda
imprima este texto de ayuda y salga

--versión
imprimir la información de la versión y salir

--argumentos
imprimir argumentos de línea de comando expandidos

-q - silencioso
modo silencioso, no imprime advertencias ni errores

-v --detallado
modo detallado, detalles de procesamiento de impresión

-d - depuración
modo de depuración, imprimir información de depuración

-ll --log-level [l] evel: constante de cadena
(fatal, error, advertencia, información, depuración, rastreo)
use el nivel l para el registrador

-lc --log-config [f] nombre de archivo: cadena
use el archivo de configuración f para el registrador

Las opciones de entrada opciones
codificación:

+ Ee - plantilla-sobre
el elemento de plantilla incluye elementos de contenido

tratamiento opciones
validación:

+ Vs --validar-esquema
validar el documento XML contra el esquema
(no con --template-sobre)

# requiere que libxml se compile con soporte para esquemas XML

+ Vn --check-namespace
comprobar el espacio de nombres XML en la raíz del documento

identificadores únicos:

+ Ug --generar-nuevos-fluidos
generar un nuevo UID de instancia de estudio / serie / SOP

-Uo - no-sobrescribir-uids
no sobrescribir los UID existentes (predeterminado)

+ Uo --overwrite-uids
sobrescribir los UID existentes

salida opciones
formato de archivo de salida:

+ F --escribir-archivo
escribir formato de archivo (predeterminado)

-F --escribir-conjunto de datos
escribir conjunto de datos sin metainformación del archivo

sintaxis de transferencia de salida:

+ t = --escribir-xfer-mismo
escribir con el mismo TS que la entrada (predeterminado)

+ te --escribir-xfer-poco
escribir con VR explícito little endian TS

+ tb --escribir-xfer-grande
escribir con RV explícito big endian TS

+ ti --escribir-xfer-implícito
escribir con VR implícito little endian TS

+ td --write-xfer-deflated
escribir con VR explícito desinflado little endian TS

Representaciones de valor posteriores a 1993:

+ u --habilitar-nuevo-vr
habilitar la compatibilidad con nuevos VR (UN / UT) (predeterminado)

-u --deshabilitar-nuevo-vr
deshabilitar el soporte para nuevos VR, convertir a OB

codificación de longitud de grupo:

+ g = --group-length-recalc
recalcular las longitudes de los grupos si están presentes (predeterminado)

+ g --group-length-create
escribir siempre con elementos de longitud de grupo

-g --longitud-grupo-eliminar
escribir siempre sin elementos de longitud de grupo

codificación de longitud en secuencias y elementos:

+ e - longitud-explícita
escribir con longitudes explícitas (predeterminado)

-e - longitud-indefinida
escribir con longitudes indefinidas

relleno final del conjunto de datos (no con --write-dataset):

-p = - relleno-retener
no cambie el relleno (predeterminado si no es --write-dataset)

-p - acolchado
sin relleno (implícito si --write-dataset)

+ p --padding-create [f] ile-pad [i] tem-pad: integer
alinear archivo en múltiples de f bytes
y elementos en varios de i bytes

desinflar el nivel de compresión (solo con --write-xfer-deflated):

+ cl --compression-level [l] evel: integer (predeterminado: 6)
0 = sin comprimir, 1 = más rápido, 9 = mejor compresión

NOTAS

DICOM Conformidad
La xml2dsr La utilidad admite las siguientes clases SOP:

SpectaclePrescriptionReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
Almacenamiento de informes de volumen y grosor de rejilla macular 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
Almacenamiento SRS de texto básico 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
Almacenamiento SRS mejorado 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
Almacenamiento completo de SRS 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Almacenamiento 3DSRS integral 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ProcedimientoLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
MamografíaCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
ChestCADSRSAlmacenamiento 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XrayRadiationDoseSRSalmacenamiento 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
Radiofármaco Radiación Dosis SRSalmacenamiento 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRSalmacenamiento 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
Plan de implantaciónSRDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

Tenga en cuenta que actualmente solo se admiten atributos obligatorios y algunos opcionales.

Caracter Codificación
La codificación de caracteres DICOM se determina automáticamente a partir del elemento con etiqueta
'0008,0005' (juego de caracteres específico) - si está presente. Los siguientes conjuntos de caracteres son
actualmente soportado (requiere libxml para incluir iconv apoyo, ver --versión producción):

ASCII (ISO_IR 6) (UTF-8)
UTF-8 "ISO_IR 192" (UTF-8)
ISO Latin 1 "ISO_IR 100" (ISO-8859-1)
ISO Latin 2 "ISO_IR 101" (ISO-8859-2)
ISO Latin 3 "ISO_IR 109" (ISO-8859-3)
ISO Latin 4 "ISO_IR 110" (ISO-8859-4)
ISO Latin 5 "ISO_IR 148" (ISO-8859-9)
Cirílico "ISO_IR 144" (ISO-8859-5)
Árabe "ISO_IR 127" (ISO-8859-6)
Griego "ISO_IR 126" (ISO-8859-7)
Hebreo "ISO_IR 138" (ISO-8859-8)

No se admiten varios conjuntos de caracteres (solo el primer valor del 'Carácter específico
Set 'se utiliza para la codificación de caracteres en caso de multiplicidad de valores).

Compresión
Si libxml se compila con soporte zlib, el archivo de entrada (entrada de archivo xml) puede también ser
comprimidos con ZIP, lo que generalmente da como resultado archivos mucho más pequeños. Ver salida de opción
--versión para comprobar si la compatibilidad con zlib está disponible.

Limitaciones
El esquema XML dsr2xml.xsd no admite todas las variaciones del dsr2xml formato de salida.
Sin embargo, el formato de salida predeterminado (opción más --use-xml-espacio de nombres) Deberia trabajar.

Las diferentes versiones de libxml parecen tener diferentes límites para la longitud máxima de un
Valor del elemento XML. Por lo tanto, debe evitarse el uso de valores de elementos muy largos. A
El límite típico para libxml versión 2.7.3 (y superior) es de 10 MB para un valor de elemento único.

REGISTRO

El nivel de salida de registro de las diversas herramientas de línea de comando y bibliotecas subyacentes puede
ser especificado por el usuario. De forma predeterminada, solo los errores y advertencias se escriben en el estándar
secuencia de error. Opción de uso --verboso también mensajes informativos como detalles de procesamiento
Están reportados. Opción --depurar se puede utilizar para obtener más detalles sobre la actividad interna,
por ejemplo, con fines de depuración. Se pueden seleccionar otros niveles de registro usando la opción --Iniciar sesión-
nivel. En --tranquilo modo solo se informan los errores fatales. En eventos de error tan graves,
la aplicación normalmente terminará. Para obtener más detalles sobre los diferentes niveles de registro,
consulte la documentación del módulo 'oflog'.

En caso de que la salida de registro deba escribirse en un archivo (opcionalmente con rotación de archivo de registro),
a syslog (Unix) o la opción de registro de eventos (Windows) --log-config puede ser usado. Esta
El archivo de configuración también permite dirigir solo ciertos mensajes a una salida en particular
stream y para filtrar ciertos mensajes basados ​​en el módulo o aplicación donde
son generadas. Se proporciona un archivo de configuración de ejemplo en /logger.cfg.

COMANDO LÍNEA

Todas las herramientas de línea de comando utilizan la siguiente notación para los parámetros: los corchetes encierran
valores opcionales (0-1), tres puntos finales indican que se permiten varios valores
(1-n), una combinación de ambos significa 0 an valores.

Las opciones de la línea de comandos se distinguen de los parámetros por un signo '+' o '-' inicial,
respectivamente. Por lo general, el orden y la posición de las opciones de la línea de comandos son arbitrarios (es decir,
puede aparecer en cualquier lugar). Sin embargo, si las opciones son mutuamente excluyentes, la apariencia del extremo derecho
se utiliza. Este comportamiento se ajusta a las reglas de evaluación estándar de los shells de Unix comunes.

Además, se pueden especificar uno o más archivos de comando usando un signo '@' como prefijo para
el nombre del archivo (p. ej. @ command.txt). Tal argumento de comando es reemplazado por el contenido de
el archivo de texto correspondiente (varios espacios en blanco se tratan como un solo separador a menos que
aparecen entre dos comillas) antes de cualquier evaluación adicional. Tenga en cuenta que
un archivo de comando no puede contener otro archivo de comando. Este enfoque simple pero efectivo
permite resumir combinaciones comunes de opciones / parámetros y evita alargar y
confusas líneas de comando (se proporciona un ejemplo en el archivo /dumppat.txt).

MEDIO AMBIENTE

La xml2dsr La utilidad intentará cargar los diccionarios de datos DICOM especificados en el
DCMDICTPATH Variable ambiental. Por defecto, es decir, si el DCMDICTPATH Variable ambiental
no está configurado, el archivo /dicom.dic se cargará a menos que el diccionario esté construido
en la aplicación (predeterminado para Windows).

Se debe preferir el comportamiento predeterminado y DCMDICTPATH solo variable de entorno
se utiliza cuando se requieren diccionarios de datos alternativos. los DCMDICTPATH Variable ambiental
tiene el mismo formato que el shell de Unix TRAYECTORIA variable en que dos puntos (':') separan
entradas. En los sistemas Windows, se utiliza un punto y coma (';') como separador. El diccionario de datos
El código intentará cargar cada archivo especificado en el DCMDICTPATH Variable ambiental. Eso
es un error si no se puede cargar un diccionario de datos.

Use xml2dsr en línea usando los servicios de onworks.net