Esta es la aplicación de Linux llamada BisSNP cuya última versión se puede descargar como BisSNP-1.0.0.jar. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada BisSNP con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
BisSNP
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DESCRIPCIÓN
Ahora en Github: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNP
BisSNP es un paquete basado en el marco de reducción de mapas de Genome Analysis Toolkit (GATK) para la genotipificación en secuenciación masivamente paralela tratada con bisulfito (Bisulfite-seq, NOMe-seq y RRBS) en la plataforma Illumina. Utiliza la inferencia bayesiana con probabilidades de metilación especificadas manualmente o estimadas automáticamente de diferentes contextos de citosina (no solo CpG, CHH, CHG en Bisulfite-seq, sino también GCH et.al. en otras secuencias tratadas con bisulfito) para determinar genotipos y niveles de metilación simultáneamente . Funciona tanto para lecturas de un solo extremo como de dos extremos. La especificidad y la sensibilidad han sido validadas por la matriz Illumina IM SNP. En los datos del umbral predeterminado 30X (puntuación de la escala Phred> 20), podría detectar un 92.21% de SNP heterocigotos con una tasa de falsos positivos del 0.14%. Grupo de Google para obtener ayuda: http://goo.gl/zL7Nj
Caracteristicas
- Persona que llama SNP
- llamador de metilación
- Bisulfito-seq / NOMe-seq / RRBS
- genotipificación
Público
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
Perl, Java
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/bissnp/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
