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BisSNP para ejecutarse en Linux descarga en línea para Linux

Descargue gratis BisSNP para ejecutar en Linux en línea Aplicación de Linux para ejecutar en línea en Ubuntu en línea, Fedora en línea o Debian en línea

Esta es la aplicación de Linux llamada BisSNP para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como BisSNP-1.0.0.jar. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.

Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada BisSNP para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.

Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:

- 1. Descargue esta aplicación en su PC.

- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.

- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.

- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.

- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.

- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.

BisSNP para ejecutarse en Linux en línea


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DESCRIPCIÓN

Ahora en Github: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNP
BisSNP es un paquete basado en el marco de reducción de mapas de Genome Analysis Toolkit (GATK) para la genotipificación en secuenciación masivamente paralela tratada con bisulfito (Bisulfite-seq, NOMe-seq y RRBS) en la plataforma Illumina. Utiliza la inferencia bayesiana con probabilidades de metilación especificadas manualmente o estimadas automáticamente de diferentes contextos de citosina (no solo CpG, CHH, CHG en Bisulfite-seq, sino también GCH et.al. en otras secuencias tratadas con bisulfito) para determinar genotipos y niveles de metilación simultáneamente . Funciona tanto para lecturas de un solo extremo como de dos extremos. La especificidad y la sensibilidad han sido validadas por la matriz Illumina IM SNP. En los datos del umbral predeterminado 30X (puntuación de la escala Phred> 20), podría detectar un 92.21% de SNP heterocigotos con una tasa de falsos positivos del 0.14%. Grupo de Google para obtener ayuda: http://goo.gl/zL7Nj

Caracteristicas

  • Persona que llama SNP
  • llamador de metilación
  • Bisulfito-seq / NOMe-seq / RRBS
  • genotipificación


Audiencia

Ciencia / Investigación


Interfaz de usuario

Línea de comando


Lenguaje de programación

Perl, Java



Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/bissnp/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.


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