Esta es la aplicación de Linux llamada CAMPARI para ejecutar en Linux en línea cuya última versión se puede descargar como campari_v3_09052017.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada CAMPARI para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
CAMPARI para ejecutar en Linux en línea
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DESCRIPCIÓN
Estamos orgullosos de presentar la versión 3 de CAMPARI. Este es un gran paso desde la versión 2 principalmente debido al soporte integral de OpenMP (paralelismo de subprocesos) y debido a mejoras significativas tanto en la usabilidad como en el rendimiento. También hemos agregado nuevamente una serie de nuevos algoritmos de la literatura reciente, y CAMPARI, por supuesto, continúa apoyando el paradigma del campo de fuerza ABSINTH y el modelo de solvatación implícita.CAMPARI es un paquete conjunto para realizar y analizar simulaciones moleculares, en particular de polímeros de relevancia biológica. Se centra en una amplia disponibilidad de algoritmos para el muestreo (avanzado) y es capaz de combinar el muestreo de dinámica molecular y Monte Carlo de manera transparente. CAMPARI ofrece al usuario un nivel muy alto de control sobre todas las funciones implementadas. Para obtener más información y características, consulte la página de inicio del proyecto en http://campari.sourceforge.net. La versión 2 ya no se mantiene activamente, pero la versión final sigue estando disponible.
Caracteristicas
- Muestreo combinado de MC y MD, MD en espacio cartesiano o torsional / de cuerpo rígido
- Paralelización eficiente de OpenMP de todas las rutinas centrales de energía / fuerza
- Análisis o ejecución sobre la marcha como herramienta de análisis de trayectoria (también en paralelo)
- Muchas rutinas de análisis integradas (DSSP, mapas de contactos, funciones de correlación de pares, etc.)
- Soporte para varios agrupamientos estructurales y algoritmos relacionados junto con análisis del modelo de estado de Markov
- Totalmente documentado (html) y además se envía con 13 tutoriales
- Nivel de control muy alto (por ejemplo, restricciones holonómicas personalizadas en MD)
- Amplio soporte para técnicas de simulación de múltiples réplicas en paralelo, como el intercambio de réplicas en ejecución paralela híbrida MPI / OpenMP
- Instalación de análisis independiente para las instalaciones del modelo de estado de clustering / Markov
Audiencia
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Consola / Terminal
Lenguaje de programación
Fortran
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/campari/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
