Esta es la aplicación de Linux llamada codonPhyML cuya última versión se puede descargar como codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada codonPhyML con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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codónPhyML
DESCRIPCIÓN
codonPhyML utiliza modelos de evolución de codones de Markov en la reconstrucción de la filogenia. Dado un conjunto de especies caracterizadas por sus secuencias de ADN como entrada, codonPhyML devolverá el árbol filogenético que mejor describe su relación evolutiva. Nuestro artículo que describe codonPhyML ha sido publicado en la revista "Molecular Biology and Evolution" (MBE). Para más detalles, siga el enlace: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. ¡codonPhyML está en la portada de MBE! Mira esto (agosto de 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Para la versión multimodelo de CodonPhyML, utilice el tarball 'codonphyml_multi.tgz'.
Caracteristicas
- Modelos de evolución de codones de Markoviano: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- Heurística de búsqueda de topología de árbol NNI y SPR
- parámetros de tasa de sustitución estimados por máxima verosimilitud
- soporte multinúcleo a través de OpenMP
- probabilidad comparable en diferentes modelos (es decir, AA, NT y CODON)
Público
Ciencia / Investigación, Educación
Interfaz de usuario
Consola / Terminal, línea de comandos
Lenguaje de programación
C
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
