Esta es la aplicación de Linux llamada EigenMS para ejecutar en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como EigenMS.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada EigenMS para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
EigenMS para ejecutar en Linux en línea
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DESCRIPCIÓN
EigenMS es un método de normalización implementado en R (y una versión anterior en Matlab) disponible como un conjunto de dos funciones que deben usarse en una secuencia.Descargue el archivo EigenMS.zip (última versión).
La última versión cargada en octubre de 2017 tiene una corrección de errores para la normalización de un solo grupo de tratamiento.
El cambio de escala se ha omitido a partir de 2015.
EigenMS utiliza SVD para detectar tendencias de sesgo en los datos y las elimina. EigenMS elimina los efectos de factores conocidos y desconocidos y se puede utilizar para cualquier plataforma económica.
Hemos demostrado su utilidad en LC-MS / MS y metabolómica en los dos artículos siguientes:
1) PMID: 19602524. "Normalización de las intensidades máximas en la proteómica ascendente basada en EM utilizando la descomposición de valores singulares".
Karpievitch YV, Taverner T, Adkins JN, Callister SJ, Anderson GA, Smith RD, Dabney AR.
Bioinformática 2009
2) "Normalización de datos de metabolómica con EigenMS"
Karpievitch YV, Nikolic SB, Wilson R, Sharman JE, Edwards LM.
PLoS Uno 2014
Público
Ciencia / Investigación
Lenguaje de programación
MATLAB, S / R
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/eigenms/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
