Esta es la aplicación de Linux llamada iCAS: un sistema de ensamblaje de clones de Illumina para ejecutar en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como icas_v062.tar.bz2. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada iCAS: un sistema de ensamblaje de clones de Illumina para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
iCAS: un sistema de ensamblaje de clones de Illumina para ejecutar en Linux en línea
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DESCRIPCIÓN
La secuenciación clon por clon, como medio para lograr ensamblajes de alta calidad para genomas grandes y complejos, sigue siendo de gran relevancia en la era de la secuenciación de alto rendimiento. Sin embargo, los ensamblajes obtenidos utilizando ensambladores de genoma completo actuales a menudo están fragmentados y, a veces, tienen problemas de integridad del genoma debido a las diferentes características de los datos introducidos por la secuenciación multiplexada.Con iCAS, el proceso de filtrado de datos se basa en un algoritmo de frecuencia kmer novedoso, lo que da como resultado lecturas previas al ensamblaje casi perfectas. Los contigs se generan utilizando diferentes algoritmos de ensamblaje y luego se fusionan para lograr una continuidad más prolongada. Al volver a alinear todas las lecturas con el borrador de contigs y recalibrar cada base de secuencia se logra un consenso final. Al usar clones terminados para control de calidad, la canalización puede obtener ensamblajes con una cobertura de clones del 99.7 % y una calidad base de consenso de Q39.
Desarrollado en el Wellcome Trust Sanger Institute.
Público
Ciencia / Investigación
Lenguaje de programación
Perla, C
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/icas/. Ha sido alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
