Esta es la aplicación de Linux llamada iMSAT para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como SSRs.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada iMSAT para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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iMSAT para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN
iMSAT representa una actualización completa del programa vcf2MSAT. Este programa de Python de línea de comando permite que un usuario use los datos de polimorfismo generados usando herramientas SAM y BAM y un archivo de alineación .fasta para buscar marcadores de microsatélites polimórficos (MSAT o STR). Al identificar los fabricantes polimórficos, en lugar de simples regiones repetidas como lo han hecho los programas anteriores, iMSAT aumenta en gran medida la velocidad a la que se pueden identificar los MSAT polimórficos, lo que ahorra a los investigadores un tiempo y dinero valiosos. Visita http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/858/abstract para el artículo en pdf que describe la utilidad de iMSAT y si usa el programa, cite este artículo como: Andersen y Mills: iMSAT: un enfoque novedoso para el desarrollo de loci de microsatélites utilizando bibliotecas de Illumina con códigos de barras. BMC Genomics 2014 15: 858.Caracteristicas
- Identificación de microsatélites polimórficos
- Secuenciación de Illumina
- Análisis genómico
Público
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
Python
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/imsat/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
