Esta es la aplicación de Linux llamada ISVASE cuya última versión se puede descargar como ISVASE1.1.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada ISVASE con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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ISVASE
DESCRIPCIÓN
Para generar ARNm maduros correctos, los exones deben identificarse y unirse de manera precisa y eficiente mediante un mecanismo de corte y empalme de ARN. Cabe señalar que aproximadamente un tercio o la mitad de todas las mutaciones que causan enfermedades afectan el empalme del ARN. Sin embargo, existen pocas herramientas bioinformáticas para identificar directamente variantes de secuencia asociadas con eventos de empalme (SVASE) basadas en datos de secuencia de ARN. Desarrollamos ISVASE, una herramienta simple y conveniente para identificar SVASE directamente usando datos de RNA-seq. En comparación con el software PVAAS existente, nuestro método tiene varias ventajas, como filtros estrictos dependientes de reglas y filtros estadísticos en cada paso, variantes de secuencia de detección para eventos de empalme conocidos, variantes de secuencia de identificación en dos partes de empalme (unión) por separado, cambio de unión de detección eventos si proporcionan anotación de empalme conocida, evaluación de la señal de empalme, comparación con mutación de ADN conocida y / o datos de edición de ARN, y tiempo de ejecución corto.
Caracteristicas
- Es la primera herramienta para identificar la variante de secuencia asociada con el evento de empalme tanto para nuevas variantes de empalme como para variantes de empalme conocidas.
- ISVASE identifica las variantes de secuencia para cada variante de empalme primero, luego identifica las variantes de secuencia para todas las variantes de empalme relacionadas (el mismo inicio o final de unión) para análisis de comparación y prueba estadística.
- ISVASE identifica y juzga las variantes de secuencia para ambas partes de la unión por separado, lo que puede distinguir aún más el efecto de las variantes de secuencia para diferentes partes de la unión.
- ISVASE aplica varios filtros estrictos dependientes de reglas y filtros estadísticos en diferentes pasos.
- ISVASE considera los eventos de cambio de unión y las señales de unión (5 'ss y 3' ss) para eliminar las variantes de empalme falso.
- ISVASE puede utilizar datos de edición de ARN y mutación de ADN proporcionados por el usuario para designar el tipo de fuente de las variantes de secuencia.
- ISVASE obtiene la secuencia flanqueante de variantes de secuencia para la búsqueda de motivos potenciadores de empalme exónico.
- ISVASE puede convertir el archivo de variante de secuencia predeterminado en un archivo de formato de entrada ANNOVAR para la anotación de variante.
- ISVASE utiliza 8 cifras para mostrar las características de las variantes de secuencia asociadas con eventos de empalme.
Público
Ciencia / Investigación
Lenguaje de programación
Perl
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/isvase/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
