Esta es la aplicación de Linux llamada kSNP para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como kSNP3.1_Linux_package.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada kSNP para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
kSNP para ejecutarse en Linux en línea
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DESCRIPCIÓN
kSNP identifica los SNP pangenómicos en un conjunto de secuencias del genoma y estima los árboles filogenéticos basándose en esos SNP. El descubrimiento de SNP se basa en el análisis de k-mer y no requiere alineación de secuencias múltiples ni la selección de un genoma de referencia, por lo que kSNP puede tomar cientos de genomas microbianos como entrada. Un locus SNP se define por un oligo de longitud k que rodea un alelo SNP central. kSNP puede analizar tanto genomas completos (terminados) como genomas no terminados en contigs ensamblados o lecturas sin ensamblar sin procesar. Los genomas terminados y no terminados se pueden analizar juntos, y kSNP puede descargar automáticamente archivos Genbank de los genomas terminados e incorporar la información de esos archivos en la anotación SNP.Gardner, SN y Hall, BG 2013. Cuando las alineaciones del genoma completo simplemente no funcionan: software kSNP v2 para el descubrimiento de SNP sin alineación y la filogenética de cientos de genomas microbianos. PLoS ONE, 8 (12): e81760.doi: 10.1371 / journal.pone.0081760
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
