Esta es la aplicación de Linux llamada MCPerm: permutación Monte Carlo SNP cuya última versión se puede descargar como MCPerm_1.1.2.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada MCPerm: permutación Monte Carlo SNP con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
MCPerm: permutación Monte Carlo SNP
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DESCRIPCIÓN
MCPerm: un método de permutación de Monte Carlo para la correlación de pruebas múltiples en un estudio de asociación de casos y controles
La prueba de permutación tradicional (TradPerm) es un importante método de análisis no paramétrico que puede tratarse como el estándar de oro para múltiples correcciones de prueba en el estudio de asociación de casos y controles. Sin embargo, se basa en los datos originales de genotipos y fenotipos del polimorfismo de nucleótido único (SNP) para realizar una gran cantidad de reordenamientos aleatorios y, por lo tanto, es computacionalmente intensivo, especialmente para el estudio de asociación de todo el genoma (GWAS). Para mejorar la velocidad de cálculo sin cambiar el tamaño del valor p de TradPerm, desarrollamos un método de permutación de Monte Carlo (MCPerm) como una alternativa eficiente a TradPerm.
Métodos: MCPerm no necesita mezclar los datos de genotipos y fenotipos originales. Utiliza el método de Monte Carlo, emplea una distribución hipergeométrica de dos pasos para generar el número aleatorio de genotipos (AA, Aa y aa) en casos y controles.
Lenguaje de programación
B / R
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/mcperm/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
