Esta es la aplicación de Linux llamada MIPGen para ejecutar en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como mipgen_v15.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada MIPGen para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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MIPGen para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN
Generador de potencial de interacción molecularMIPGEN es un programa de Python que calculará cuadrículas de potencial de interacción molecular
sobre una molécula determinada, que podría ser una proteína o un pequeño compuesto orgánico (fármaco).
La salida será una serie de cuadrículas con formato DX (* .dx) que el usuario podrá
para visualizar usando cualquier programa de visualización molecular como VMD, PyMol, Chimera ...
Para obtener más información sobre dependencias y uso, lea la documentación.
Los usuarios pueden publicar cualquier error o solicitud en el menú BUGS & REQUESTS. (se necesitará una cuenta de sourceforge).
Caracteristicas
- Generación de MIP completamente automática con un simple archivo PDB.
- Código de fuente abierta. Los usuarios pueden contribuir ampliando las sondas o mejorando el código.
- Calcule los potenciales de interacción molecular basados en cuadrículas sobre péptidos y otros sistemas macromoleculares (probablemente aún lento para sistemas grandes)
- Calcular MIP sobre moléculas pequeñas
- Sondas personalizables. Ya implementado: Sondas hidrofóbicas, donante H-Bond, aceptor H-Bond y electrostática.
- Asignación automática de tipos de átomos a moléculas pequeñas y proteínas mediante la interfaz con Antechamber de código abierto y tLeap del paquete AmbertTools (http://ambermd.org)
Audiencia
Ciencia / investigación, usuarios finales avanzados, desarrolladores, usuarios finales / escritorio
Interfaz de usuario
Consola / Terminal
Lenguaje de programación
Python
Entorno de base de datos
SQLite
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/mipgen/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
