Esta es la aplicación de Linux llamada MITP cuya última versión se puede descargar como MITP-1.1.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada MITP con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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MITP
DESCRIPCIÓN
El miARN es un pequeño ARN no codificante ampliamente conocido que puede mediar en la regulación génica de los procesos biológicos más importantes en plantas y animales. Por lo tanto, la identificación conserva y los nuevos miARN y sus genes diana en el modelo y las nuevas especies secuenciadas son inevitables. MITP está diseñado para identificar miARN de forma fácil y rápida en función del resultado de mapeo de secuencias de cualquier software de mapeo que produzca un resultado de salida en formato SAM, un resultado de explosión (resultado de salida predeterminado) o un resultado de blat (resultado de salida predeterminado). El programa proporciona un praramter de pasos (8 pasos) que puede permitir ejecutar el programa desde cualquier paso y terminar todos los pasos restantes. También puede ejecutar paso a paso utilizando el programa de cada paso. Ejecute estos programas paso a paso en el mismo directorio para ejecutar el programa principal MITP.pl. Algunos pasos son opcionales (filtro de lectura, expresión, clase de miARN y objetivo). Cuando seleccione los parámetros relacionados que pertenecen a estos pasos opcionales, el programa ejecutará estos pasos. De lo contrario, omita estos pasos.
Caracteristicas
- Identificar conservar miARN de acuerdo con el resultado BLAST entre miARN conocido y la secuencia del genoma
- Identifique miARN novedoso según el resultado de alineación en la salida BLAST predeterminada, la salida BLAT o el archivo de formato SAM
- Identificar pequeñas regiones de ARN
- Predecir genes diana de miARN
- Comparar miARN en diferentes especies
Público
Ciencia / Investigación
Lenguaje de programación
Perl
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/mitp/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
