Esta es la aplicación para Linux llamada NGSEP, cuya última versión se puede descargar como NGSEPcore_5.1.0.jar. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada NGSEP con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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NGSEP
DESCRIPCIÓN
NGSEP es un marco integrado para el análisis de lecturas de secuenciación de ADN de alto rendimiento cortas y largas. La versión actual proporciona funcionalidades para el análisis guiado de novo y de referencia de datos de secuenciación, incluido el ensamblaje del genoma, el mapeo de lectura, la detección de variantes y el genotipado, y el análisis de novo de datos generados a partir de protocolos de representación reducida. NGSEP también proporciona módulos para el análisis de bases de datos de variación genómica (archivos VCF), que incluyen anotaciones funcionales, filtrado, conversión de formato, comparación, agrupación, imputación, análisis de introgresión y diferentes tipos de estadísticas. Desde la versión 4, proporcionamos funcionalidades para la gestión de genomas y transcriptomas, incluida la alineación del genoma y la anotación de elementos transponibles. Una lista completa de funcionalidades está disponible en nuestra wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
ANTES DE DESCARGAR: El botón verde dirige al archivo jar para su uso en la línea de comandos. Consulte la wiki para conocer la GUI y otras opciones.
Caracteristicas
- Ensamblaje de genomas de novo
- Alineación de lecturas sin procesar con un genoma de referencia
- Detección de SNP, CNV y variantes estructurales
- Manipulación de VCF: anotación funcional, fusionar, filtrar, comparar, conversión de formato, imputación
- Lee demultiplexado
- Alineación de conjuntos genómicos anotados
- Estadísticas y filtrado de las anotaciones del transcriptoma en formato GFF3
Audiencia
Industria de la salud, Ciencia / Investigación, Otro público, Agricultura
Interfaz de usuario
Java SWT, consola / terminal, Eclipse
Lenguaje de programación
Java
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
