Esta es la aplicación de Linux llamada ParaSim para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como parasim-v0.05.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada ParaSim para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
Ad
ParaSim para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN
Las evaluaciones de diversidad y las comparaciones de grandes bases de datos de compuestos requieren calcular similitudes de millones de compuestos en un tiempo asequible. ParaSim aborda este desafío paralelizando los cálculos de acuerdo con la cantidad de núcleos de computación disponibles en una sola máquina. Está optimizado para el rendimiento de un gran número de estructuras de consulta frente a un gran número de estructuras de referencia. Como característica especial, ParaSim permite almacenar y acceder a conjuntos de datos frecuentemente consultados como objetos persistentes en la memoria para tiempos de respuesta cortos.ParaSim calcula similitudes químicas basándose en huellas dactilares estructurales binarias. No calcula las huellas digitales por sí mismo, sino que se basa en software de terceros para hacerlo. Básicamente, ParaSim puede utilizar todos los tipos de huellas dactilares estructurales que se pueden almacenar en una matriz de bits (un conjunto de bits).
Ver la Wiki (https://sourceforge.net/p/parasim/wiki/Documentation/) para obtener documentación detallada.
COMENTARIOS MUY APRECIADOS!
Caracteristicas
- Hace uso de múltiples núcleos informáticos
- Puede almacenar y acceder a huellas dactilares de forma persistente en la memoria
- Resultados informados: ID de la molécula de consulta, ID de la molécula de referencia, coeficiente de similitud y, opcionalmente, datos adicionales como Smiles / InChi-Key / Chime string, etc.
- Permite un número definido por el usuario de resultados por consulta y umbrales de similitud
- Permite diferentes tamaños de conjuntos de bits de huellas dactilares
- Proporciona información detallada sobre el progreso a pedido.
- No requiere instalación
- Lee huellas digitales como conjuntos de bits codificados en Base64 de archivos .txt o .txt.gz
- Aplicaciones de demostración para RDKit, PipelinePilot (TM) y Knime incluidas
- Scripts incluidos para buscar directamente desde archivos SDF o Smiles
Público
Desarrolladores, usuarios finales / escritorio, probadores, ciencia / investigación
Interfaz de usuario
Línea de comandos, consola / terminal
Lenguaje de programación
C, Perl, Pitón
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/parasim/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
