Esta es la aplicación de Linux llamada PASHA: Parallelized Short Read Assembly cuya última versión se puede descargar como Pasha-1.0.10.tar.bz2. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada PASHA: Ensamblaje de lectura corta en paralelo con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
PASHA: Ensamblaje de lectura corta en paralelo
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DESCRIPCIÓN
PASHA es un ensamblador de lectura corta en paralelo para genomas grandes que utiliza gráficos de Bruijn. Aprovechando tanto las CPU multinúcleo de memoria compartida como los clústeres informáticos de memoria distribuida, PASHA ha demostrado su potencial para realizar ensamblajes de novo de alta calidad de genomas grandes en un tiempo razonable con recursos informáticos modestos. Nuestra evaluación utilizando tres pequeños conjuntos de datos de extremos emparejados muestra que PASHA puede producir mejores ensamblajes con una cobertura del genoma y tasas de ensamblaje incorrectos comparables en comparación con tres ensambladores líderes: Velvet, ABySS y SOAPdenovo. Además, PASHA logra la velocidad más rápida para los tres conjuntos de datos en una sola CPU. Para el genoma humano, PASHA logra una calidad de ensamblaje competitiva con ABySS y puede completar el ensamblaje en aproximadamente 21 horas, que es aproximadamente 2.38 veces más rápido que ABySS en las mismas configuraciones de hardware.
Interfaz de usuario
Consola / Terminal
Lenguaje de programación
C + +
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/pasha/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.