Esta es la aplicación de Linux llamada piv_clustering cuya última versión se puede descargar como piv_clustering_1.3.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada piv_clustering con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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piv_clustering
DESCRIPCIÓN
Este programa permite realizar un análisis de conglomerados estructurales de trayectorias atómicas obtenidas, por ejemplo, de simulaciones de dinámica molecular.
A diferencia de otros enfoques, es posible analizar también procesos en solución, por ejemplo, reacciones químicas en agua líquida, ya que la métrica de distancia se basa en un vector invariante de permutación (PIV) que es simétrico bajo intercambio de átomos o moléculas idénticos, incluyendo en la misma base los grados de libertad del soluto y del solvente. El enfoque es general y la definición de PIV solo requiere especificar el rango de distancias interatómicas que es relevante para el proceso en estudio. Alternativamente, también se pueden emplear las coordenadas topológicas SPRINT, que son particularmente adecuadas para nanoestructuras.
El resultado es una partición de la trayectoria en unos pocos grupos estructurales (es decir, conjuntos de fotogramas), lo que permite un análisis y una visualización más sencillos.
Lea y cite Gallet & Pietrucci, J. Chem. física 139, 074101 (2013)
Caracteristicas
- Agrupación estructural de trayectorias atomísticas
- Invariancia a la permutación: cristales, sólidos amorfos, líquidos, nanoestructuras
- Se admiten todas las celdas de simulación (desde ortorrómbicas hasta triclinicas)
- Implementación de MPI en paralelo
Público
Ciencia / Investigación
Lenguaje de programación
Fortran
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/pivclustering/. Ha sido alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
