Esta es la aplicación de Linux llamada QUASR cuya última versión se puede descargar como QUASR_v6.08.tar. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada QUASR con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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CUASR
DESCRIPCIÓN
QUASR es una tubería liviana escrita para procesar y analizar datos de secuenciación de próxima generación (NGS) de las plataformas Illumina, 454 e Ion Torrent. Aunque originalmente se escribió para datos virales, es lo suficientemente genérico como para funcionar en cualquier conjunto de datos NGS. Las funciones incluyen:
eliminación de duplicados
demultiplexando
eliminación de imprimación
gráficos de garantía de calidad (QA)
control de calidad (QC)
generación de consenso
determinación de variantes minoritarias
graficación de variantes minoritarias
La versión actual principal es 6.X, que está escrita en Python3. 7.X es mi reescritura en Java, pero todavía se está trabajando. Ambos están escritos para ser lo más livianos posible para que puedan ejecutarse con requisitos mínimos de memoria en una computadora de escritorio o portátil, así como en un clúster de cómputo.
Si tiene algún problema con QUASR, comuníquese conmigo a la dirección de correo electrónico proporcionada en el archivo README.
Público
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
Python
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/quasr/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
