Esta es la aplicación de Linux llamada Swift Sequence Alignment Program para ejecutar en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como swift-0.11.2.tgz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada Swift Sequence Alignment Program para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
Ad
Programa de alineación de secuencias Swift para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN
Swift es un programa de alineación de secuencias de ADN que produce una alineación con huecos utilizando el algoritmo de Smith-Waterman. Toma un archivo de consulta (formato FASTA) y un archivo de referencia (formato FASTA) como entrada. Genera el nombre de referencia, el nombre de lectura, la alineación con espacios, la puntuación de la alineación, las posiciones inicial y final de la alineación y la longitud de la alineación.Di una charla sobre Swift en la GPU Technology Conference 2012. Se puede acceder a la charla en http://www.gputechconf.com/gtcnew/on-demand-GTC.php?sessionTopic=58&searchByKeyword=&submit=&select=+&sessionEvent=&sessionYear=&sessionFormat=#1303.
Para instalar y ejecutar Swift, consulte la página Wiki: http://sourceforge.net/p/swiftseqaligner/wiki/Home/
Si necesita más ayuda para instalar o ejecutar Swift, comuníquese con Pankaj Gupta al [email protected].
Caracteristicas
- Produce una alineación con huecos utilizando el algoritmo de Smith-Waterman
- El algoritmo Smith-Waterman se ejecuta en la GPU (Unidad de procesamiento de gráficos)
- Acepta un archivo de lectura (formato FASTA) y un archivo de referencia (formato FASTA) como entradas
- Muestra el nombre de referencia, el nombre de lectura, la alineación con espacios, la puntuación de la alineación, las posiciones inicial y final de la alineación y la longitud de la alineación
- Admite lecturas de Illumina (longitud fija)
- Requisitos: sistema operativo Linux; 4 GB de memoria del sistema; Tarjeta gráfica compatible con CUDA; Kit de herramientas CUDA 4.2+; Memoria global de 6 GB; 49 KB de memoria compartida
Público
Ciencia / Investigación
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/swiftseqaligner/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
