Esta es la aplicación de Linux llamada TaxOnTree cuya última versión se puede descargar como TaxOnTree_v1.6.1.3_Linux_x86_64.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada TaxOnTree con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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impuesto sobre el árbol
DESCRIPCIÓN
TaxOnTree es un programa filogenético para asociar información taxonómica en un árbol filogenético.
La salida es un archivo de árbol en formato NEX configurado para abrirse en FigTree, que los usuarios pueden colorear rápidamente por cualquier taxón o por la ancestralidad compartida por secuencias con consulta. La entrada puede ser un archivo con formato Fasta para usar en una búsqueda BLAST o una lista de secuencias representadas por sus identificadores (UniProtAC o NCBI gi), si ya hay un clúster disponible. Además, se puede utilizar un archivo newick producido con el software del usuario y configuraciones específicas para proceder con el etiquetado taxonómico. TaxOnTree convierte a su usuario en un experto en taxonomía. TaxOnTree también corrige la ausencia de algunos taxones en la taxonomía NCBI. El programa de línea de comandos es fácil de configurar y se puede acoplar a varias herramientas bioinformáticas, produciendo un árbol de colores en formato PDF. TaxOnTree está disponible como herramienta web en http://biodados.icb.ufmg.br/taxontree para trabajos poco exigentes.
Caracteristicas
- Ingrese una consulta en formato fasta (o su ID) y genere un árbol filogenético
- La base de datos RefSeq con proteínas completas solamente y proteonas de referencia UniProt se distribuyen con TaxOnTree
- Se puede realizar una alineación múltiple con MUSCLE, PRANK, Clustal Omega o Kalign
- Alternativamente, se pueden utilizar como entrada grupos de homólogos como KO, eggNOG, OrthoMCL-DB, PANTHER, etc.
- TaxOnTree puede tratar la alineación con TrimAl y construir un árbol con FastTree
- Sin embargo, un árbol creado por el usuario en formato newick se puede utilizar como entrada para TaxOnTree
- TaxOnTree produce un archivo NEXUS para abrir con FigTree
- La aplicación puede ejecutar la línea de comando FigTree y exportar un árbol analizado en PDF
- Para un solo uso, una herramienta web está disponible y su código también está disponible para la instalación local.
Público
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
Perl
Entorno de base de datos
Perl DBI / DBD, MySQL
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/taxontree/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
