Esta es la aplicación de Linux llamada TomoJ cuya última versión se puede descargar como TomoJ_Applications-2.8.1-jar-with-dependencies.jar. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada TomoJ con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
tomoj
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DESCRIPCIÓN
TomoJ es un complemento de ImageJ para la reconstrucción tomográfica.
Fue diseñado para tomografía electrónica, sin embargo, cualquier adquisición con haz paralelo debería funcionar.
TomoJ propone el preprocesamiento y el registro de series de tilt antes de las reconstrucciones 3D (WBP, ART, SIRT, OS-SART, compressed sensing).
TomoJ está escrito en Java, los cálculos son multiproceso y la reconstrucción se puede realizar en CPU o GPU (OpenCL).
el registro se describe en:
Journal of Structural Biology: X. 2020, Volumen 4. "Mejoras en la alineación de imágenes sin marcadores para tomografía electrónica" COS Sorzano et al. https://doi.org/10.1016/j.yjsbx.2020.100037.
BMC Bioinformática. 2009 de abril de 27; 10: 124. "Registro de imágenes sin marcadores de series de inclinación de tomografía electrónica". COS Sorzano y col.
La parte de reconstrucción se describió en:
BMC Bioinformática. 2007 6 de agosto; 8: 288. "TomoJ: software de tomografía para la reconstrucción tridimensional en microscopía electrónica de transmisión". Messaoudi C et al
Caracteristicas
- tomografía
- ImageJ
- Alineación de la serie de inclinación
- Reconstrucción 3D
- WBP
- ARTE
- SIRTE
- detección comprimida
Interfaz de usuario
Swing de Java
Lenguaje de programación
Java, Open CL
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/tomoj/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.