Esta es la aplicación de Linux llamada VarScan cuya última versión se puede descargar como VarScan.v2.3.9.jar. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada VarScan con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
Ad
VarScan
DESCRIPCIÓN
Detección de variantes en secuenciación masivamente paralela. Para una muestra, denomina SNP, indels y genotipos de consenso. Para pares de tumores normales, clasifica cada variante como línea germinal, somática o LOH, y también detecta cambios en el número de copias somáticas. LA ÚLTIMA VERSIÓN ESTÁ DISPONIBLE EN GITHUB
Caracteristicas
- Llama a SNP e Indels desde archivos pileup de SAMtools
- Filtra variantes por cobertura, profundidad de lectura, frecuencia de variante y calidad base
- Determina el estado somático (somático, línea germinal, LOH) para pares de tumor-normal
- Compara, fusiona e interseca dos listas de variantes
- Limita las llamadas variantes a un conjunto de posiciones de destino o regiones de destino
- Gratis para uso no comercial.
Público
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
Java
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/varscan/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
