Esta es la aplicación de Linux llamada Virmid cuya última versión se puede descargar como Virmid-1.2.0.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada Virmid con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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DESCRIPCIÓN
NOTICIAS:
11-07-2013 Se ha subido una nueva versión Virmid 1.1.0.
08-29-2013 El artículo de Virmid se publica ahora en Genome Biology.
Kim S et al, "Virmid: detección precisa de mutaciones somáticas con inferencia de impurezas de muestra", Genome Biology 2013, 14: R90
http://genomebiology.com/2013/14/8/R90/abstract
Virmid (Microdisección virtual para llamadas SNP) es un llamador de variantes basado en Java diseñado para muestras coincidentes de control de enfermedades. Virmid también está especializado para identificar el potencial dentro de la contaminación individual donde la muestra de la enfermedad no puede purificarse lo suficiente. Si bien la tasa de llamada de SNP se ve gravemente comprometida con esta heterogeneidad, Virmid puede descubrir SNP con baja frecuencia de alelos al considerar el nivel de contaminación (alfa). Las características importantes de Virmid son:
•Estimación de la proporción precisa de la muestra de control en una muestra de enfermedad (mixta)
• Mejora de SNP y llamada de mutación somática con respecto a la proporción estimada
Caracteristicas
- Hallazgo de mutación somática
- Ejemplo de inferencia de impurezas
Público
Ciencia / Investigación
Lenguaje de programación
Java
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/virmid/. Ha sido alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
