Esta es la aplicación de Linux llamada Visualización de gráficos de proteínas y ligandos cuya última versión se puede descargar como vplg_2016_07_18.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada Visualización de gráficos de proteínas y ligandos con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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Visualización de gráficos de proteína-ligando
DESCRIPCIÓN
El paquete de software Visualization of Protein-Ligand Graphs (VPLG) calcula y visualiza gráficos de proteínas. Funciona en el nivel de estructura supersecundaria y utiliza las coordenadas del átomo de los archivos PDB y las asignaciones SSE del algoritmo DSSP.
VPLG es un software de línea de comandos. Si no le gusta escribir comandos, pruebe nuestro servidor web PTGL: http://ptgl.uni-frankfurt.de/
Caracteristicas
- Lee datos de átomos tridimensionales de archivos PDB y asignaciones de estructuras secundarias de archivos DSSP
- Calcula un gráfico de proteína-ligando a partir de los datos y visualiza el gráfico
- Admite la salida de imágenes de gráficos en formatos de mapa de bits (.png) y vectoriales (.svg)
- Exporta gráficos de proteína-ligando en un archivo de texto sin formato en su propio formato (.plg) que es fácil de editar, analizar y generar con un programa de computadora, así como en varios formatos de archivo de gráfico estándar.
- Puede leer y visualizar directamente gráficos de proteínas de archivos .plg
- Software gratuito de código abierto (FOSS)
- Soporte de base de datos (completamente opcional, no se requiere servidor de base de datos por defecto)
- La interfaz de línea de comandos permite un fácil procesamiento por lotes a través de scripts de shell
- Permite el filtrado de ligandos por número de átomo.
- Nueva GUI escrita en Java, ¡ya no es necesario escribir comandos de consola!
- El software que alimenta el servidor web PTGL: http://ptgl.uni-frankfurt.de/
Audiencia
Ciencia / Investigación, Educación, Usuarios finales avanzados
Interfaz de usuario
Java Swing, consola / terminal, línea de comandos
Lenguaje de programación
Java
Entorno de base de datos
JDBC
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/vplg/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
