Esta es la aplicación de Windows llamada Gen3D cuya última versión se puede descargar como gen3d.cpp. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada Gen3D con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie cualquier emulador en línea de OS OnWorks desde este sitio web, pero mejor emulador en línea de Windows.
- 5. Desde el sistema operativo OnWorks Windows que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación e instálala.
- 7. Descargue Wine desde los repositorios de software de sus distribuciones de Linux. Una vez instalada, puede hacer doble clic en la aplicación para ejecutarla con Wine. También puedes probar PlayOnLinux, una elegante interfaz sobre Wine que te ayudará a instalar programas y juegos populares de Windows.
Wine es una forma de ejecutar software de Windows en Linux, pero no requiere Windows. Wine es una capa de compatibilidad de Windows de código abierto que puede ejecutar programas de Windows directamente en cualquier escritorio de Linux. Esencialmente, Wine está tratando de volver a implementar una cantidad suficiente de Windows desde cero para poder ejecutar todas esas aplicaciones de Windows sin necesidad de Windows.
SCREENSHOTS
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Gen3D
DESCRIPCIÓN
Gen3D es una aplicación diseñada para determinar modelos tridimensionales de genoma y cromosoma. Utiliza datos de contacto cromosómico para construir conformaciones tridimensionales. Este método puede generar modelos cromosómicos tridimensionales que satisfagan una gran parte de los contactos cromosómicos.
El software está desarrollado en el Laboratorio de Bioinformática, Minería de Datos y Aprendizaje Automático del Prof. Jianlin Cheng en el Departamento de Ciencias de la Computación de la Universidad de Missouri - Columbia, EE. UU. El proyecto cuenta con el apoyo de la National Science Foundation (subvención nº DBI1149224).
Si utiliza Gen3D en su investigación, cite:
Nowotny, Jackson, Sharif Ahmed, Lingfei Xu, Oluwatosin Oluwadare, Hannah Chen, Noelan Hensley, Tuan Trieu, Renzhi Cao y Jianlin Cheng. "Reconstrucción iterativa de modelos tridimensionales de cromosomas humanos a partir de datos de contacto cromosómico". BMC bioinformática 16, no. 1 (2015): 338.
Caracteristicas
- Utilice los datos de contacto cromosómico adquiridos mediante la técnica Hi-C
- Construya modelos de cromosomas y genomas estructurales en 3D a partir de datos de contacto cromosómicos
- Inicializar las coordenadas usando un enfoque probabilístico
- Método novedoso para representar contactos satisfechos en una matriz de mapa de calor
- Esquemas de puntuación para determinar contactos de corto y largo alcance
- Comparado con otro método existente y también validado con características del genoma
Público
Ciencia / Investigación, Ingeniería
Lenguaje de programación
C + +
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/gen3d/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.