این دستور اباکاس است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
abacas - الگوریتم پیوستگی خودکار توالی های مونتاژ شده
خلاصه
چرتکه -r کد عکس -q qs -p پرسه زدن [گزینه ها]
OR
چرتکه -r کد عکس -q psf -e
کد عکس دنباله مرجع در یک فایل فاستا
qs contigs در قالب چند فاستا
راگ برنامه MUmmer برای استفاده: 'nucmer' یا 'promer'
psf فایل توالی شبه مولکول/مرتب شده در قالب fasta
OPTIONS
-h استفاده از چاپ
-d از پارامترهای nucmer/promer پیش فرض استفاده کنید
-s حداقل طول کلمه تطبیق دقیق (عدد پیش‌فرض = 12، پیش‌فرض promer
= 4)
-m Contigs سفارش داده شده را برای فایل در فرمت multifasta چاپ کنید
-b Contigs را در بین به فایل چاپ کنید
-N یک شبه مولکول بدون "N" چاپ کنید
-i حداقل درصد هویت [پیش‌فرض 40]
-v int mimimum contig coverage [پیش‌فرض 40]
-V حداقل اختلاف پوشش int contig [پیش‌فرض 1]
-l int حداقل طول contig [پیش‌فرض 1]
-t tblastx را روی contig هایی که نقشه برداری نشده اند اجرا کنید
-g رشته (نام فایل) چاپ مناطق بدون پوشش (شکاف) در ارجاع به نام فایل
-a contigs را در bin به شبه مولکول اضافه کنید
-o فایل های خروجی پیشوند این پیشوند را خواهند داشت
-P مجموعه های پرایمر را برای بستن شکاف ها انتخاب کنید
-f تعداد پایه های کناری در دو طرف شکاف برای طراحی پرایمر (پیش فرض
350)
-R int Run mummer [پیش‌فرض 1، استفاده کنید -R 0 برای جلوگیری از دویدن
-e Escape contig ordering یعنی به طراحی پرایمر بروید
-c دنباله مرجع دایره ای است
شرح
ABACAS برای پیوستن سریع (تراز کردن، ترتیب دادن، جهت‌گیری)، تجسم و طراحی در نظر گرفته شده است.
پرایمرهایی برای بستن شکاف‌های روی شاخه‌های مونتاژ شده تفنگ ساچمه‌ای بر اساس یک توالی مرجع.
ABACAS از MUMmer برای یافتن موقعیت های هم ترازی و شناسایی syntenies از contig های مونتاژ شده استفاده می کند
در مقابل مرجع سپس خروجی برای تولید شبه مولکول پردازش می شود
موارد و شکاف های با هم تداخل دارند. ABACAS یک فایل مقایسه تولید می کند که می تواند
برای تجسم کانتیگ های مرتب و جهت دار در ACT استفاده شود. Synteny با رنگ قرمز نشان داده می شود
نوارهایی که در آن شدت رنگ با مقادیر کمتر درصد هویت بین کاهش می یابد
بلوک های قابل مقایسه اطلاعات مربوط به مواردی مانند جهت گیری، درصد هویت،
پوشش و همپوشانی با سایر کانتیگ ها نیز با بارگذاری خروجی قابل مشاهده است
فایل ویژگی در ACT.
با استفاده از خدمات onworks.net به صورت آنلاین از آباکاس استفاده کنید
