این دستور ABYSS است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
ABYSS - خواندن های کوتاه را در contigs جمع کنید
خلاصه
پرتگاه [گزینه] ... فایل...
شرح
همه فایل‌های ورودی، FILE، که ممکن است در FASTA، FASTQ، qseq، export، SRA، SAM یا
فرمت BAM و ممکن است با gz، bz2 یا xz فشرده شود و ممکن است تار شده باشد.
به کاربرانی که مایل به اجرای یک اسمبلی کامل با ABySS هستند توصیه می شود از abyss-pe به عنوان خود استفاده کنند
نقطه ورود به جای برنامه ABYSS. abyss-pe یک Makefile است که بسیاری را هماهنگ می کند
از ابزارهای ABySS (از جمله ABYSS) به منظور اجرای خط لوله مونتاژ کامل ABySS.
abyss-pe قادر به انجام بسیاری از کارهایی است که ABYSS نیست، مانند استفاده از اهرم
اطلاعات فاصله ارائه شده توسط جفت خواندن پایان و جفت جفت می خواند.
--عفت
از خواندن های ناپسند [پیش فرض]
-- عدم عفت
خواندن های ناپسند را دور نریزید
-- نقاب دار شده
پایه‌های ماسک‌دار را از انتهای قرائت‌ها برش دهید [پیش‌فرض]
--بدون اصلاح نقاب
پایه های نقاب دار را از انتهای خوانده ها کوتاه نکنید
-q, --کیفیت تریم=آستانه
پایه هایی را از انتهای قرائت هایی که کیفیت آنها کمتر از آستانه است، برش دهید
-Q, --کیفیت ماسک=آستانه
در خواندن هایی که کیفیت آنها کمتر از آستانه است، همه پایه ها را ماسک کنید
--کیفیت استاندارد
کیفیت صفر «!» است (33)
پیش فرض برای فایل های FASTQ و SAM
- کیفیت روشنایی
کیفیت صفر «@» است (64)
پیش فرض برای فایل های qseq و صادرات
-o, -- خارج=فایل
contigs را در FILE بنویسید
-k, --kmer=KMER_SIZE
اندازه k-mer
-t, --طول اصلاح=TRIM_LENGTH
حداکثر طول لبه های آویزان برای اصلاح
-c, -- پوشش=پوشش
کانتیگ هایی با پوشش میانگین k-mer کمتر از این آستانه را حذف کنید
-b, --حباب ها=N
حباب‌های پاپ کوتاه‌تر از N bp (پیش‌فرض: 3*k).
-b0, -- بدون حباب
حباب ها را بیرون نکشید
-e, -- فرسایش=پوشش
باعث فرسایش پایه ها در انتهای کانتیگ های بلانت با پوشش کمتر از این آستانه می شود
-E, -- فرسایش-رشته=پوشش
پایه‌های انتهای کانتیگ‌های بلانت با پوشش کمتر از این آستانه را فرسایش می‌دهد
هر دو رشته
--پوشش-تاریخ=فایل
هیستوگرام پوشش k-mer را در FILE ثبت کنید
-g, -- نمودار=فایل
یک نمودار در قالب نقطه ایجاد کنید
-s, --snp=فایل
حباب های ظاهر شده را در FILE ضبط کنید
-v, -- پرحرف
نمایش خروجی پرمخاطب
--کمک این راهنما را نمایش دهید و از آن خارج شوید
- نسخه
اطلاعات نسخه خروجی و خروج
با استفاده از خدمات onworks.net از ABYSS به صورت آنلاین استفاده کنید
