این دستور alien_hunter است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
alien_hunter - نقوش مرتبه متغیر درون یابی برای شناسایی افقی
DNA اکتسابی
خلاصه
بیگانه_شکارچی [گزینه]
شرح
Alien_hunter یک برنامه کاربردی برای پیش بینی انتقال ژن افقی فرضی است
رویدادهای (HGT) با اجرای موتیف‌های مرتبه متغیر درونیابی (IVOM). یک
رویکرد IVOM از سوگیری‌های ترکیبی با استفاده از توزیع‌های موتیف مرتبه متغیر و
ترکیب محلی یک دنباله را با اطمینان بیشتری نسبت به مرتبه ثابت ثبت می کند
مواد و روش ها. به صورت اختیاری، پیش‌بینی‌ها را می‌توان به یک مارکوف پنهان مرتبه دوم ۲ حالته تجزیه کرد
مدل (HMM)، در چارچوب تشخیص نقطه تغییر، برای بهینه سازی محلی سازی
مرزهای مناطق پیش بینی شده پیش بینی ها (فرمت embl) می توانند به صورت خودکار باشند
بارگذاری شده در نمایشگر ژنوم آرتمیس به صورت رایگان در دسترس در:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.
ورودی: توالی ژنومی خام پیش بینی: مناطق HGT بر اساس ترتیب متغیر درونیابی
آرگومان های موتیف (IVOM):
توالی ژنومی خام
نام فایل برای داده های خروجی
استدلال های اختیاری:
-a برای بارگذاری فایل پیش بینی در Artemis
-c مرزهای پیش بینی شده را با تشخیص نقطه تغییر 2 حالت HMM مرتبه دوم بهینه کنید
فایل های خروجی:
پیش بینی ها (فایل تب) در قالب embl
.انتخاب
پیش بینی های بهینه شده (HMM) (فایل تب) در قالب embl
.طرح
پیش‌بینی‌ها در قالب Artemis User Plot به صورت دستی با استفاده از Graph -> Add بارگیری می‌شوند
طرح کاربری...
.انتخاب.طرح
پیش‌بینی‌های بهینه‌سازی شده (HMM) در قالب Artemis User Plot برای بارگیری دستی با استفاده از
نمودار -> افزودن نمودار کاربر...
.sco
نمرات در تمام پنجره های کشویی - برای بررسی توزیع امتیاز
توجه: پیش‌بینی‌هایی که با اپرون rRNA همپوشانی دارند در واجد شرایط یادداشت ذکر شده‌اند
با استفاده از خدمات onworks.net از alien_hunter به صورت آنلاین استفاده کنید
