amap - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

amap - تراز چندگانه پروتئین با بازپخت توالی

خلاصه

نقشه [گزینه] [MFAFILE] [MFAFILE]

شرح

AMAP ابزاری برای انجام همترازی چندگانه توالی های پپتیدی است. از پسین استفاده می کند
رمزگشایی، و یک تراز بازپخت توالی، به جای مترقی سنتی
روش هم ترازی این تنها برنامه هم ترازی است که به فرد امکان کنترل آن را می دهد
مبادله حساسیت/ویژگی این بر اساس کد منبع ProbCons است، اما استفاده می کند
دقت متریک هم ترازی و تبدیل سازگاری را حذف می کند.

در پیکربندی پیش‌فرض، AMAP برای به حداکثر رساندن متریک تراز مورد انتظار تنظیم شده است
امتیاز دقت (AMA) - یک اندازه گیری جدید برای دقت تراز، بر اساس یک متریک برای
فضای چند ترازی، که حساسیت و ویژگی را در یک واحد ادغام می کند
اندازه گیری متعادل AMA به عنوان کسری از باقیمانده های به درستی تراز شده تعریف می شود (یا به
باقی مانده دیگر یا به یک شکاف) از تعداد کل باقیمانده ها در تمام دنباله ها.

نقشه توالی های ارائه شده در قالب MFA را تراز می کند. این قالب از چندین توالی تشکیل شده است.
هر دنباله در قالب MFA با یک توصیف تک خطی شروع می شود و به دنبال آن خطوطی از
داده های توالی خط توصیف با a متمایز از داده های توالی است
علامت بزرگتر از (">") در ستون اول.

OPTIONS

-کلاستالو
از فرمت خروجی CLUSTALW به جای MFA استفاده کنید

-c --ثبات تکرار
استفاده از 0 <= تکرار <= 5 (پیش‌فرض: 0) عبور از تبدیل سازگاری

-برو --تکرار-پالایش تکرار
استفاده از 0 <= تکرار <=1000 (پیش‌فرض: 0) پاس‌های تکراری-تصفیه‌شده

-پیش -- قبل از آموزش تکرار
استفاده از 0 <= تکرار <= 20 (پیش فرض: 0) دور پیش تمرین

-جفت
ایجاد ترازهای جفتی همه جفت

-ویتربی
از الگوریتم Viterbi برای تولید همه جفت ها استفاده کنید (به طور خودکار فعال می شود -جفت)

-v -- پرحرف
گزارش پیشرفت در حین تراز کردن (پیش‌فرض: خاموش)

-نه نام فایل
حاشیه نویسی برای تراز چندگانه بنویسید نام فایل

-t --قطار - تعلیم دادن نام فایل
محاسبه احتمالات انتقال EM، ذخیره در نام فایل (پیش فرض: بدون آموزش)

-e -- انتشارات
همچنین احتمالات انتشار را دوباره تخمین بزنید (پیش‌فرض: خاموش)

-p --پارامفایل نام فایل
خواندن پارامترها از نام فایل (پیش فرض: )

-a - هم ترازی- ترتیب
چاپ توالی ها به ترتیب تراز به جای ترتیب ورودی (پیش فرض: خاموش)

-g --فاکتور-فاکتور GF
استفاده کنید GF به عنوان پارامتر فاکتور شکاف، برای بهترین حساسیت روی 0، مقادیر بالاتر برای
ویژگی بهتر (پیش فرض: 0.5)

-w -- لبه-وزن-آستانه W
هنگامی که بهترین لبه وزن کمتری دارد، فرآیند بازپخت توالی را متوقف کنید W، روی 0 تنظیم کنید
برای بهترین حساسیت، مقادیر بالاتر برای ویژگی بهتر (پیش‌فرض: 0)

-پروگ --ترقی خواه
استفاده از تراز پیش رونده به جای تراز بازپخت توالی (پیش فرض: خاموش)

-نظیر سفارش --بدون ترتیب مجدد لبه
غیرفعال کردن ترتیب مجدد لبه ها در طول تراز بازپخت دنباله ای (پیش فرض: خاموش)

-maxstep --use-max-stepsize
استفاده از حداکثر اندازه گام بهبود به جای رتبه‌بندی لبه tGf (پیش‌فرض: خاموش)

-چاپ --چاپ-پوستر
فقط ماتریس های احتمال پسین را چاپ کنید (پیش فرض: خاموش)

-gui استارت STEP
خروجی چاپ برای GUI مبتنی بر جاوا AMAP Display (پیش‌فرض: ) با وزن شروع می‌شود استارت
(پیش فرض: بی نهایت) با اندازه گام STEP (پیش فرض: )

مثال ها

برای اجرای AMAP با گزینه های پیش فرض به تراز دایرکتوری و نوع:

% نقشه

اگر نام فایل ارائه نشده باشد، لیست گزینه ها چاپ می شود.

برای استفاده از AMAP Display AMAP را با گزینه -gui اجرا کنید و خروجی را در a ذخیره کنید
فایل، سپس از فایل به عنوان ورودی AmapDisplay استفاده کنید. برای مثال تایپ کنید:

% تراز کردن / نقشه برداری -gui نمونه/BB12020.tfa > examples/BB12020.tfa.out

% جاوه -شیشه display/AmapDisplay.jar examples/BB12020.tfa.out

(در سیستم های دبیان، مثال ها دایرکتوری در است /usr/share/doc/amap-align/examples

توجه داشته باشید

در نسخه های قدیمی (< 2.0-1) بسته برای سیستم های Debian(TM)، نقشه فرمان بود
تغییر نام آمپ تراز کردن زیرا قبلاً ابزار دیگری به نام وجود داشت نقشه (که برخی را اجرا می کند
تشخیص شبکه کامپیوتری). یک پیوند نمادین آمپ تراز کردن هنوز برای ارتقاء ارائه شده است
اما در نسخه‌های Debian پس از Etch حذف خواهد شد (Debian 4.0).

با استفاده از خدمات onworks.net از amap به صورت آنلاین استفاده کنید